Molecular Dynamics (MD) simulations approximate the movement over time of all atoms in a system of molecules. The computational effort of common approaches is proportional to the number of molecules. As the systems of interest grow in size or in simulation duration, computing resources become a limitation and must be used efficiently. The adaptive resolution scheme (AdResS) is a technique to reduce computational complexity by allowing the dynamic change of resolution during a simulation. In this thesis, we investigate a version of AdResS, in which molecular representations are gained by experimental measurements and not by RDF sampling. First, we discuss different weight functions. Then, we implement this AdResS variation in an existing MD-Platform ls1-Mardyn and perform different benchmarks to evaluate its accuracy and performance. We conclude that this method can achieve acceptable accuracy whilst providing a speedup when used with appropriate parameters.     «

Molecular Dynamics (MD) simulations approximate the movement over time of all atoms in a system of molecules. The computational effort of common approaches is proportional to the number of molecules. As the systems of interest grow in size or in simulation duration, computing resources become a limitation and must be used efficiently. The adaptive resolution scheme (AdResS) is a technique to reduce computational complexity by allowing the dynamic change of resolution during a simulation. In this...     »

Molekulardynamik (MD) Simulationen stellen approximative Berechnungen der Bewe- gung aller Atome innerhalb eines Systems an Molekülen im Verlauf der Zeit bereit. Der Berechnungsaufwand gängiger Ansätze ist proportional zu der Anzahl an Molekülen. Mit der wachsenden Größe und Simulationsdauer der gewünschten Systeme werden Rechenressourcen mehr beansprucht und müssen somit effizient verwendet werden. Das adaptive Auflösungs Schema (engl. AdResS) ist eine Methode, um die Berechnungskomplexität zu verringern, indem das dynamische Ändern der Auflösung während der Simulation ermöglicht wird. In dieser Arbeit untersuchen wir eine Variation von AdResS, in welcher die molekularen Darstellungen durch experimentelle Messungen und nicht durch RDF Daten erzeugt werden. Des weiteren implementieren wir AdResS in einer existierenden MD-Platform, ls1-Mardyn, und führen unterschiedliche Tests durch zur Untersuchung dessen Genauigkeit und Leistung. Es stellt sich heraus, dass diese Methode befriedigende Genauigkeit in Zusammenhang mit einer Erhöhung der Leistung bereitstellen kann, wenn angemessene Parameter gewählt werden.     «

Molekulardynamik (MD) Simulationen stellen approximative Berechnungen der Bewe- gung aller Atome innerhalb eines Systems an Molekülen im Verlauf der Zeit bereit. Der Berechnungsaufwand gängiger Ansätze ist proportional zu der Anzahl an Molekülen. Mit der wachsenden Größe und Simulationsdauer der gewünschten Systeme werden Rechenressourcen mehr beansprucht und müssen somit effizient verwendet werden. Das adaptive Auflösungs Schema (engl. AdResS) ist eine Methode, um die Berechnungskomplexitä...     »