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Originaltitel:
Towards Reproducibility in Alternative Splicing Analysis
Übersetzter Titel:
Auf dem Weg zur Reproduzierbarkeit bei der Analyse des alternativen Spleißens
Autor:
Fenn, Amit M.
Jahr:
2023
Dokumenttyp:
Dissertation
Fakultät/School:
TUM School of Life Sciences
Betreuer:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
Gutachter:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Baumbach, Jan (Prof. Dr.)
Sprache:
en
Fachgebiet:
BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik
Stichworte:
RNA-Seq, Alternative Splicing, Alignment, benchmark, ChIP-Seq
TU-Systematik:
BIO 110
Kurzfassung:
Alternative Splicing (AS) gives rise to a diversity of proteins from a gene by editing RNA and reshuffling the protein coding sequences. This thesis presents 3 new tools to the study of AS: ASimulatoR, a RNA-Seq simulator for gold standard datasets; DICAST a modular framework for benchmarking AS-event detection and RNA-Seq alignment tools and DASiRe, a web-tool to integrate RNA-Seq and ChIP-Seq data to identify proteins involved in splicing.
Übersetzte Kurzfassung:
Durch Alternatives Spleißen (AS) entsteht eine Vielfalt von Proteinen aus einem Gen, indem die RNA geschnitten und die proteinkodierenden Sequenzen neu angeordnet werden. In dieser Arbeit werden drei neue Werkzeuge für die Untersuchung von AS vorgestellt: ASimulatoR, ein RNA-Seq-Simulator für Goldstandard-Datensätze; DICAST, ein modularer Rahmen für das Benchmarking von AS-Ereigniserkennung und RNA-Seq-Alignment-Tools und DASiRe, ein Web-Tool zur Integration von RNA-Seq- und ChIP-Seq-Daten zur...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1690667
Eingereicht am:
11.11.2022
Mündliche Prüfung:
07.02.2023
Dateigröße:
5926214 bytes
Seiten:
117
Urn (Zitierfähige URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20230207-1690667-1-6
Letzte Änderung:
24.04.2023
 BibTeX