To calculate complex molecular-dynamics simulations efficiently, optimizations in areas like data layout and traversal patterns of the data managed by the simulation have a high significance. Especially, if the simulation is run on a GPU. This thesis explores how algorithms and data structures that are used in the C++17 molecular-dynamics library AutoPas can be implemented with the Kokkos programming model. The focus is on what has to be considered for the data management in Kokkos, regarding data layout and traversal patterns. The created simulation then enables in-depth performance analyses on different computing platforms.      «

To calculate complex molecular-dynamics simulations efficiently, optimizations in areas like data layout and traversal patterns of the data managed by the simulation have a high significance. Especially, if the simulation is run on a GPU. This thesis explores how algorithms and data structures that are used in the C++17 molecular-dynamics library AutoPas can be implemented with the Kokkos programming model. The focus is on what has to be considered for the data management in Kokkos, regarding d...     »

Um komplexe Molekulardynamiksimulationen effizient berechnen zu können, haben Optimierungen in Bereichen wie Datenlayout und Traversalmuster der von der Simulation verwalteten Daten eine hohe Bedeutung. Besonders, wenn die Simulation auf einer GPU ausgeführt wird. In dieser Arbeit wird untersucht, wie Algorithmen und Datenstrukturen, die in der C++17-Molekulardynamik-Bibliothek AutoPas verwendet werden, mit dem Kokkos-Programmiermodell implementiert werden können. Der Fokus liegt darauf, was bei der Datenverwaltung in Kokkos, hinsichtlich Datenlayout und Traversalmustern, zu beachten ist. Die erstellte Simulation in ermöglicht dann eingehende Performance-Analysen auf verschiedenen Compute-Plattformen.      «

Um komplexe Molekulardynamiksimulationen effizient berechnen zu können, haben Optimierungen in Bereichen wie Datenlayout und Traversalmuster der von der Simulation verwalteten Daten eine hohe Bedeutung. Besonders, wenn die Simulation auf einer GPU ausgeführt wird. In dieser Arbeit wird untersucht, wie Algorithmen und Datenstrukturen, die in der C++17-Molekulardynamik-Bibliothek AutoPas verwendet werden, mit dem Kokkos-Programmiermodell implementiert werden können. Der Fokus liegt darauf, was be...     »