In this work denaturation transitions of nucleic acids and bio-polymers in and out of equilibrium are studied theoretically. First, the over-stretching transition of DNA is modeled successfully by a three-state model, which allows to disentangle effects of the stacking energy of base pairs and the loop free energy. Second, the thermodynamics of RNA folding is studied: A marked dependence on the parameterization of loops, which are a common theme in folded RNA structures, and on salt concentration is found. Including these effects yields perfect agreement with experimental data. Third, coarse grained Brownian dynamics simulations of homopolymers reveal the influence of cohesive strength and chain length on internal friction. The existence of two distinct globular phases is shown.     «

In this work denaturation transitions of nucleic acids and bio-polymers in and out of equilibrium are studied theoretically. First, the over-stretching transition of DNA is modeled successfully by a three-state model, which allows to disentangle effects of the stacking energy of base pairs and the loop free energy. Second, the thermodynamics of RNA folding is studied: A marked dependence on the parameterization of loops, which are a common theme in folded RNA structures, and on salt concentratio...     »

Diese Arbeit behandelt Denaturierungsübergänge von Nukleinsäuren und Biopolymeren im Gleichgewicht und Nichtgleichgewicht. Zunächst wird der Überdehnungsübergang bei DNA durch ein Dreizustandsmodell erfolgreich beschrieben, welches es ermöglicht die Einflüsse der Stapelwechselwirkung von Basenpaaren und der Schleifenentropie zu trennen. Im Anschluss wird der Einfluss der Parametrisierung von Schleifen, ein häufig auftretendes Motiv in RNA-Strukturen, und der Salzkonzentration auf die Thermodynamik von RNA untersucht. Die Berücksichtigung dieser Effekte liefert hervorragende Übereinstimmung mit experimentellen Daten. Schließlich wird mit Hilfe von Brown'sche-Dynamik-Simulationen gezeigt, dass die interne Reibung bei Homopolymeren von der Kettenlänge und den Kohäsionskräften abhängt. Des Weiteren können im Polymerglobul zwei Phasen unterschieden werden.     «

Diese Arbeit behandelt Denaturierungsübergänge von Nukleinsäuren und Biopolymeren im Gleichgewicht und Nichtgleichgewicht. Zunächst wird der Überdehnungsübergang bei DNA durch ein Dreizustandsmodell erfolgreich beschrieben, welches es ermöglicht die Einflüsse der Stapelwechselwirkung von Basenpaaren und der Schleifenentropie zu trennen. Im Anschluss wird der Einfluss der Parametrisierung von Schleifen, ein häufig auftretendes Motiv in RNA-Strukturen, und der Salzkonzentration auf die Thermodynam...     »