NMR studies of dynamic double-stranded RNA recognition by RNA binding proteins
Translated title:
NMR-Studien zur dynamischen Erkennung doppelsträngiger RNA durch RNA-bindende Proteine
Author:
Tants, Jan-Niklas
Year:
2017
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Chemie
Advisor:
Sattler, Michael (Prof. Dr.)
Referee:
Sattler, Michael (Prof. Dr.); Förstemann, Klaus (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften; CHE Chemie
Keywords:
dsRNA, RNA interference, sliding
Translated keywords:
dsRNA, RNA-Interferenz, Sliding
TUM classification:
CHE 808d; CHE 244d
Abstract:
Double-stranded RNAs are involved in different cellular processes like RNA interference, RNA localization and RNA degradation. The recognition of dsRNA is usually sequence-independent but shape-specific and is very often accompanied by considerable dynamics. Here NMR is used to characterize dsRNA binding of three different ribonucleoproteins. For one of them, Loqs-PD, a potential function as thermodynamic asymmetry sensor of siRNA duplexes is described which is a key step in RISC formation. Furthermore, its sliding on RNA is examined.
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Double-stranded RNAs are involved in different cellular processes like RNA interference, RNA localization and RNA degradation. The recognition of dsRNA is usually sequence-independent but shape-specific and is very often accompanied by considerable dynamics. Here NMR is used to characterize dsRNA binding of three different ribonucleoproteins. For one of them, Loqs-PD, a potential function as thermodynamic asymmetry sensor of siRNA duplexes is described which is a key step in RISC formation. Furt...
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Translated abstract:
Doppelsträngige RNAs sind an verschiedenen zellulären Prozessen beteiligt, wie z.B. RNA-Interferenz, RNA-Lokalisierung und RNA-Abbau. Die Erkennung doppelsträngiger RNA ist üblicherweise sequenzunabhängig und stattdessen Form-spezifisch und weist oftmals beträchtliche Dynamiken auf. Hier wurde NMR genutzt um die Bindung doppelsträngiger RNA von drei Ribonucleoproteinen zu charakterisieren. Für eines dieser Proteine, Loqs-PD, wird eine mögliche Funktion als Sensor für die thermodynamische Asymmetrie in siRNA-Duplexen beschrieben, welches ein entscheidender Schritt für die Bildung des RISC ist. Des Weiteren wird das Sliding von Loqs auf der RNA untersucht.
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Doppelsträngige RNAs sind an verschiedenen zellulären Prozessen beteiligt, wie z.B. RNA-Interferenz, RNA-Lokalisierung und RNA-Abbau. Die Erkennung doppelsträngiger RNA ist üblicherweise sequenzunabhängig und stattdessen Form-spezifisch und weist oftmals beträchtliche Dynamiken auf. Hier wurde NMR genutzt um die Bindung doppelsträngiger RNA von drei Ribonucleoproteinen zu charakterisieren. Für eines dieser Proteine, Loqs-PD, wird eine mögliche Funktion als Sensor für die thermodynamische Asymmet...
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