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Original title:
Prediction of long-range conformational coupling and allostery in proteins using structure networks
Translated title:
Vorhersage von Langstrecken-Konformationskopplung und Allosterie in Proteinen mithilfe von Proteinstrukturnetzwerken
Author:
Schneider, Markus
Year:
2024
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Life Sciences
Institution:
Professur für Protein Modelling (Prof. Frischmann komm.)
Advisor:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
Referee:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Colombo, Giorgio (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
Keywords:
allostery; molecular dynamics; protein structure networks
Translated keywords:
Allosterie; Molekulardynamik; Proteinstrukturnetzwerke
TUM classification:
CHE 820
Abstract:
Allosteric drugs have emerged as a promising approach to address difficult protein targets. This work investigates the effects of ligand binding on proteins during molecular dynamics simulations. Analysis of ligand binding patterns revealed conformational coupling between distant protein regions, which was formalized into the SenseNet analysis framework. This model was applied to investigate the conformational cycle of two Hsp70 chaperones. Future developments could lead more accurate prediction...     »
Translated abstract:
Allosterische Medikamente stellen einen vielversprechenden Ansatz für schwierig therapierbare Proteine dar. Diese Arbeit untersucht die Auswirkungen der Ligandenbindung an Proteine während Molekulardynamik-Simulationen. Die Analyse von Ligandenbindungsmustern zeigte Konformationskopplung zwischen entfernten Proteinbereichen, die als „SenseNet-Analyse“ formalisiert wurden. Hiermit wurde der Konformationszyklus von zwei Hsp70-Chaperonen untersucht. Zukünftige Entwicklungen könnten zu genaueren Vor...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1720232
Date of submission:
23.10.2023
Oral examination:
27.06.2024
File size:
25443042 bytes
Pages:
224
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20240627-1720232-1-2
Last change:
30.07.2024
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