The NMR chemical shift perturbation methods have been successfully used for mapping binding interfaces in proteins and for screening small molecule lead compounds in ligand-protein interactions using 15N-labeled proteins. The NMR screening studies for lead compounds concentrated so far on binary interactions of lead compounds with small to middle size domains of target proteins, but not on two protein complexes. In order to study the effect of anatagonists on a two protein complex, we devised a new methodology based on observation of the 1/T2 relaxation rates of the proteins forming the complex. The size of one component should be small enough (less than ca. 15 kDa) to provide a good quality HSQC spectrum after 15N or 13C labeling of the protein. The size of the second component should be large enough so that the molecular weight of the preformed complex is larger than ca. 40 kDa. The methodology was put to test using the p53-MDM2 complex.     «

The NMR chemical shift perturbation methods have been successfully used for mapping binding interfaces in proteins and for screening small molecule lead compounds in ligand-protein interactions using 15N-labeled proteins. The NMR screening studies for lead compounds concentrated so far on binary interactions of lead compounds with small to middle size domains of target proteins, but not on two protein complexes. In order to study the effect of anatagonists on a two protein complex, we devised a...     »

Die NMR Methode der induzierte Änderung der chemische Verschiebung wurde erfolgreich eingesetzt um die Bindungsstelle in Proteinen zu bestimmen und für ein Suchverfahren für kleine Moleküle in Ligand-Protein Wechselwirkung mit Hilfe von 15N-markierten Proteinen. Das NMR Suchverfahren für Schlüsselverbindungen beschränkte sich bis jetzt auf die binäre Interaktion der Schlüsselverbindung mit kleinen bis mittelgroßen Domänen von Zielproteinen. Proteinkomplexe wurden nicht untersucht. Um den Effekt eines Antagonists auf einen binären Protein-Protein Komplex zu untersuchen haben wir eine neue Methode, basierend auf der Beobachtung der 1/T2 Relaxation Rate der Komplexbildenden Proteine, entwickelt. Die Größe der ersten Proteinkomponente sollte klein genug (kleiner 15 kDa) sein um eine gutes HSQC-Spektrum nach 15N oder 13C Markierung der Proteine zu liefern. Die zweite Komponente sollte groß genug sein, damit der sich bildende Komplex eine Molekulargewicht von mehr als 40 kDa besitzt. Die Methode wurde am p53-MDM2 Komplex getestet.     «

Die NMR Methode der induzierte Änderung der chemische Verschiebung wurde erfolgreich eingesetzt um die Bindungsstelle in Proteinen zu bestimmen und für ein Suchverfahren für kleine Moleküle in Ligand-Protein Wechselwirkung mit Hilfe von 15N-markierten Proteinen. Das NMR Suchverfahren für Schlüsselverbindungen beschränkte sich bis jetzt auf die binäre Interaktion der Schlüsselverbindung mit kleinen bis mittelgroßen Domänen von Zielproteinen. Proteinkomplexe wurden nicht untersucht. Um den Effekt...     »