In der heutigen Zeit hat sich die vergleichende Sequenzanalyse der ribosomalen RNS zur Rekonstruktion des phylogenetischen Stammbaumes von Mikroorganismen weitgehend durchgesetzt. Weiterhin hat sich aufgrund moderner automatischer Sequenziertechniken die für diesen Zweck verwendbare Sequenzdatenmenge exponentiell vervielfältigt. Die Aufgabe dieser Arbeit bestand nun darin, ein Gesamtsystem zur phylogenetischen Analyse und Verwaltung dieser großen Sequenzdatenmengen zu schaffen. Dabei erlaubt ein in dieser Arbeit entwickeltes Integrationskonzept, Hunderte von existierenden Algorithmen und Programmen in ein einheitliches Programmpaket (ARB) mit einer einheitlichen grafischen Benutzeroberfläche zu integrieren. Eine speziell optimierte Datenbank ermöglicht die Datenströme zwischen diesen Algorithmen auch über Rechnergrenzen hinweg effektiv und effizient zu steuern. Diese Datenbank wurde so konzipiert, daß sowohl Sequenzdaten, Benutzerdaten, wie auch phylogenetische Informationen zusammen gespeichert werden können. Diese Kombination verschiedener Datentypen war auch die Basis für die Entwicklung und den Einsatz einer ganzen Reihe von Analysealgorithmen, von denen einige exemplarisch in der schriftlichen Arbeit vorgestellt werden: Die Berechnung eines für einen Organismus charakteristischen Sequenzabschnittes, die schnelle visuelle Kontrolle von Sequenzen auf Sequenzierfehler und die Bewertung der statistische Signifikanz von großen phylogenetischen Bäumen. Den Biologen konnte somit ein wertvolles Werkzeug in die Hand gegeben werden, das es ihnen erlaubt, ihre Daten schnell, einfach und effektiv zu analysieren.     «

In der heutigen Zeit hat sich die vergleichende Sequenzanalyse der ribosomalen RNS zur Rekonstruktion des phylogenetischen Stammbaumes von Mikroorganismen weitgehend durchgesetzt. Weiterhin hat sich aufgrund moderner automatischer Sequenziertechniken die für diesen Zweck verwendbare Sequenzdatenmenge exponentiell vervielfältigt. Die Aufgabe dieser Arbeit bestand nun darin, ein Gesamtsystem zur phylogenetischen Analyse und Verwaltung dieser großen Sequenzdatenmengen zu schaffen. Dabei erlaubt ein...     »

Today comparative sequence analysis has been widely established as a means to reconstruct the phylogenetic tree of micro-organisms. Also, modern automatic sequencing methods allow for an exponential growth of sequence data. The task of this project was to design and implement an integrated solution to handle and analyze a huge amount of gene sequence data. By using a new integration method, hundreds of existing algorithms and programms have been integrated into a single package (ARB (arbor= latin: tree)) with one graphical user interface. With the help of a highly optimized database system, sequence data, user data as well as phylogenetic tree data can be transferred efficiently and effectively between the different modules. This combination of different data types in a single environment is the basis for a variety of new applications. A selection of those applications is described in this thesis: The (probe) search to calculate a characteristic and identifying sequence part for a given microorganim, a fast visual verification tool to find sequence errors and the analysis of the statistical significance of any given big tree topology. As a result, a valuable package was developed, which helps microbiologists all over the world to analyse their databases in an easy and effective manner.     «

Today comparative sequence analysis has been widely established as a means to reconstruct the phylogenetic tree of micro-organisms. Also, modern automatic sequencing methods allow for an exponential growth of sequence data. The task of this project was to design and implement an integrated solution to handle and analyze a huge amount of gene sequence data. By using a new integration method, hundreds of existing algorithms and programms have been integrated into a single package (ARB (arbor= lati...     »