Die Strukturaufklärung von Proteinen mit NMR-Spektroskopie gewinnt in der modernen Forschung stetig mehr an Bedeutung. Der Prozeß ist äußerst zeitaufwendig, eignet sich aufgrund vieler repetitiver Einzelschritte jedoch gut zur Automatisierung. Im Rahmen dieser Arbeit wurden automatisierte Zuordnungsverfahren von heteronuklearen Protein-NMR-Spektren entwickelt und an zwei Proteinen eingesetzt. Die beiden Programmpakete PASTA V3.0 (Protein Assignment by Threshold Accepting) und PASTA Toolkit zur wurden erstellt und bei der Rückgratzuordnung von VAT-N (183 Aminosäuren) eingesetzt und getestet. Für die Zuordnung des NADPH-Komplexes von DHFR aus E. coli (159 Aminosäuren) wurde ein neuartiges Konzept für die schnelle Zuordnung von Proteinkomplexen unter Voraussetzung eines bekannten strukturhomologen Komplexes des selben Proteins erarbeitet.     «

Die Strukturaufklärung von Proteinen mit NMR-Spektroskopie gewinnt in der modernen Forschung stetig mehr an Bedeutung. Der Prozeß ist äußerst zeitaufwendig, eignet sich aufgrund vieler repetitiver Einzelschritte jedoch gut zur Automatisierung. Im Rahmen dieser Arbeit wurden automatisierte Zuordnungsverfahren von heteronuklearen Protein-NMR-Spektren entwickelt und an zwei Proteinen eingesetzt. Die beiden Programmpakete PASTA V3.0 (Protein Assignment by Threshold Accepting) und PASTA Toolkit zur w...     »

Protein structure determination by NMR spectroscopy is becoming more and more important in modern research. The assignment process is time consuming and contains many repetetive steps. Therefore, it is suitable for automatization. In this thesis methods for the automated assignment of heteronuclear NMR spectra of proteins have been developed and tested with two proteins. Two software packages, PASTA V3.0 (Protein Assignment by Threshold Accepting) and PASTA Toolkit, have been realized and applied during the assignment of VAT-N (183 amino acids). A new methodology for the assignment of protein complexes using data from a structurally homologue complex of the same protein has been outlined and tested during the backbone assignment of the NADPH-complex of DHFR from E. coli.     «

Protein structure determination by NMR spectroscopy is becoming more and more important in modern research. The assignment process is time consuming and contains many repetetive steps. Therefore, it is suitable for automatization. In this thesis methods for the automated assignment of heteronuclear NMR spectra of proteins have been developed and tested with two proteins. Two software packages, PASTA V3.0 (Protein Assignment by Threshold Accepting) and PASTA Toolkit, have been realized and applie...     »