Physical analysis of the target search of surface proteins for a binding site on a confined polymer

Martini, Linda Johanna

Full Professorship Theorie komplexer Biosysteme (Prof. Gerland)

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Originaltitel:: Physical analysis of the target search of surface proteins for a binding site on a confined polymer
Übersetzter Titel:: Physikalische Analyse des Suchprozesses von Oberflächenproteinen nach einer Bindestelle auf einem eingeschlossenen Polymer
Autor:: Martini, Linda Johanna
Jahr:: 2022
Dokumenttyp:: Dissertation
Fakultät/School:: Fakultät für Physik
Betreuer:: Gerland, Ulrich (Prof. Dr.)
Gutachter:: Gerland, Ulrich (Prof. Dr.); Zacharias, Martin (Prof. Dr.)
Sprache:: en
Fachgebiet:: PHY Physik
Stichworte:: target search, confined polymer, encounter dynamics, membrane protein, CadC, one-component receptor, chromosome-membrane interaction, transcriptional regulation
Übersetzte Stichworte:: Suchprozess, eingeschlossenes Polymer, membranintegrales Protein, Suchzeit, CadC, Einkomponenten-Signalmolekül, Chromosom-Membran Interaktion, Genregulation
TU-Systematik:: PHY 820; TEC 040
Kurzfassung:: The target search of membrane integrated proteins for a binding site on a confined polymer is analysed. Numerical simulations show that elaborate strategies like transient binding of the polymer to the surface lead to an accelerated search when polymer density is low. At high polymer densities however the process is independent of polymer length and diffusive motion of protein and polymer alone leads to sufficiently short search times, which is verified by experimental search time measurements.
Übersetzte Kurzfassung:: Der Suchprozess membranintegraler Proteine nach einer Bindestelle auf einem eingeschlossenen Polymer wird analysiert. Numerische Simulationen zeigen, dass bei geringen Polymerdichten vorübergehendes Anhaften des Polymers an der Oberfläche zu einer Beschleunigung des Suchvorgangs führen kann. Für hohe Polymerdichten hingegen läuft der Prozess unabhängig von der Polymerlänge ab und rein diffusive Bewegung führt zu ausreichend kurzen Suchzeiten, was experimentelle Suchzeitmessungen bestätigen.
WWW:: https://mediatum.ub.tum.de/?id=1641952
Eingereicht am:: 03.03.2022
Mündliche Prüfung:: 29.07.2022
Dateigröße:: 13645254 bytes
Seiten:: 176
Urn (Zitierfähige URL):: https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20220729-1641952-1-1
Letzte Änderung:: 05.08.2022
BibTeX