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Original title:
Evaluation of an E. coli Cell Extract Prepared by Lysozyme-Assisted Sonication and Transcriptional Interference in Toehold Switch-Based Circuits
Translated title:
Evaluation eines mit Hilfe von Lysozym- und Ultraschallbehandlung hergestellten E. coli-Zellextraktes und Transkriptionsinterferenz in Toehold-Switch-basierten Netzwerken
Author:
Falgenhauer, Elisabeth
Year:
2022
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Natural Sciences
Advisor:
Simmel, Friedrich C. (Prof. Dr.)
Referee:
Simmel, Friedrich C. (Prof. Dr.); Gerland, Ulrich (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
PHY Physik
Keywords:
antisense RNA, transcriptional interference, gene regulation, bacterial extract, cell-free protein expression, phage assembly, mass spectroscopy, proteomics
Translated keywords:
Antisense RNA, Transkriptionsinterferenz, Genregulation, bakterielles Zellextrakt, zellfreie Proteinexpression, Phagenassemblierung, Massenspektrometrie, Proteomics
TUM classification:
PHY 820; CIT 900
Abstract:
Genetic circuits can be studied either in vivo or within cell-free systems. One of the crucial steps during the preparation of cell extract is the cell lysis procedure. In this study we prepared E. coli cell extract using a combination of lysozyme incubation and sonication cycles for the lysis step. In a second project regulatory RNAs (toehold switches, triggers and anti-triggers) were studied within different promoter arrangements in vivo and transcriptional interference effects were analyzed...     »
Translated abstract:
Genetische Netzwerke können in vivo oder in zellfreien Systemen untersucht werden. Ein kritischer Schritt bei der Herstellung von Zellextrakt ist die Zelllyse. In dieser Arbeit wurde E. coli-Zellextrakt mit Hilfe einer Kombination aus Lysozyminkubation und Ultraschallzyklen hergestellt. In einem zweiten Projekt wurden regulatorische RNAs (Toehold-Switches, Trigger und Anti-Trigger) innerhalb von verschiedenen Promotoranordnungen untersucht, wobei Transkriptionsinterferenz auftritt.
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1687353
Date of submission:
15.09.2022
Oral examination:
15.11.2022
File size:
25458287 bytes
Pages:
176
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20221115-1687353-1-6
Last change:
20.12.2022
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