Molecular dynamics simulations give insights into the dynamics of peptides and proteins at atomistic level but at short timescales. This thesis centers around the development of new efficient simulation techniques, mostly involving Hamiltonian Replica Exchange methods, to enhance conformational search for peptides and proteins and to better characterize protein association by efficient free energy calculations.
Übersetzte Kurzfassung:
Molekulardynamik-Simulationen geben Einblick in die Dynamik von Peptiden und Proteinen auf atomistischem Niveau, jedoch auf kurzen Zeitskalen. Im Zentrum dieser Arbeit steht die Entwicklung neuer Simulationstechniken, die meist Hamiltonian-Replica-Exchange-Methoden involvieren, um die Konformationssuche für Peptide und Proteine zu beschleunigen und Proteinassoziation durch effiziente freie Energierechungen besser zu charakterisieren.
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