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Originaltitel:
Modeling of Protein Assemblies Through Global Docking and Accelerated Molecular Dynamics Simulation
Übersetzter Titel:
Modellierung von Proteinverbänden durch globales Andocken und beschleunigte Molekulardynamiksimulation
Autor:
Pourjafar-Dehkordi, Danial
Jahr:
2022
Dokumenttyp:
Dissertation
Fakultät/School:
Fakultät für Physik
Betreuer:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.)
Gutachter:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Alim, Karen (Prof. Dr.)
Sprache:
en
Fachgebiet:
PHY Physik
TU-Systematik:
PHY 820
Kurzfassung:
Understanding the structure of protein assemblies plays a pivotal role in discovering their function. The focus of this work is on the application of MD simulations in the structural analysis of protein assemblies. A self-learning accelerated-sampling scheme that specifically compensates for low free-energy conformations is introduced and utilized to explore conformational changes in bacterial Argonaute protein in the absence of substrate and upon binding to guide and target DNA strands.
Übersetzte Kurzfassung:
Das Verständnis der Struktur von Proteinverbänden spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung ihrer Funktion. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Anwendung von MD-Simulationen für die Strukturanalyse von Proteinverbänden. Ein selbstlernendes, beschleunigtes Abtastverfahren, das speziell Konformationen mit niedriger freier Energie kompensiert, wird eingeführt und verwendet, um Konformationsänderungen des bakteriellen Argonaute-Proteins in Abwesenheit von Substrat und nach Bindung a...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1624504
Eingereicht am:
17.09.2021
Mündliche Prüfung:
07.02.2022
Dateigröße:
4049168 bytes
Seiten:
94
Urn (Zitierfähige URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20220207-1624504-1-1
Letzte Änderung:
28.02.2022
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