Theoretical study of isolated and interacting single-stranded DNA
Translated title:
Theoretische Studie von isolierter und interagierender Einzelstrang-DNA
Author:
Nayis, Asmar
Year:
2021
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Physik
Advisor:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.)
Referee:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Gerland, Ulrich (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
PHY Physik
TUM classification:
PHY 820
Abstract:
The impact of single-stranded DNA is central to the regulation of many biological processes. Within this thesis, Molecular Dynamics simulations and quantum mechanical calculations are performed to study, inter alia, how telomeres of cancer and also eukaryotic cells interact with specific molecules. Moreover, we determined the geometric requirements of UV-induced CPD damages, leading to a conformational subset which can be only reached through thermal fluctuation of the DNA bases.
Translated abstract:
Die Auswirkung von Einzelstrang-DNA ist von zentraler Bedeutung für zahlreiche biologische Prozesse. In dieser Arbeit haben wir Molekular Dynamik Simulationen und quantenmechanische Rechnungen angewandt, um u. a. zu untersuchen, wie Telomere von Krebs- und eukaryotischen Zellen mit gewissen Molekülen interagieren. Ferner, haben wir die geometrischen Anforderungen von UV-induzierten CPD Schäden bestimmt, welche nur durch thermische Fluktuation der DNA Basen erfüllt werden können.
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