The target search of membrane integrated proteins for a binding site on a confined polymer is analysed. Numerical simulations show that elaborate strategies like transient binding of the polymer to the surface lead to an accelerated search when polymer density is low. At high polymer densities however the process is independent of polymer length and diffusive motion of protein and polymer alone leads to sufficiently short search times, which is verified by experimental search time measurements.
Translated abstract:
Der Suchprozess membranintegraler Proteine nach einer Bindestelle auf einem eingeschlossenen Polymer wird analysiert. Numerische Simulationen zeigen, dass bei geringen Polymerdichten vorübergehendes Anhaften des Polymers an der Oberfläche zu einer Beschleunigung des Suchvorgangs führen kann. Für hohe Polymerdichten hingegen läuft der Prozess unabhängig von der Polymerlänge ab und rein diffusive Bewegung führt zu ausreichend kurzen Suchzeiten, was experimentelle Suchzeitmessungen bestätigen.
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