In this thesis a systematic quantitative comparison of affinity resins for protein kinase prefractionation was performed. This identified the pyrido[2,3-d]pyrimidine-based compound VI16832 as highly efficient capture molecule for broad kinase enrichment. The VI16832 affinity resin was further utilized for the comparative analysis of relative cellular kinase expression and for phosphorylation site mapping on protein kinases. Additional studies identified known and previously unknown targets and more than 70 phosphorylation sites on downstream signal transducers that are affected by the clinical kinase inhibitor imatinib. Finally an experimental strategy for the systematic in vivo analysis of kinase-substrate relationships was developed by integrating chemical genetics of protein kinases and MS-based phosphoproteomics. By applying this approach 284 proteins were identified as substrates of Polo-like kinase 1.      «

In this thesis a systematic quantitative comparison of affinity resins for protein kinase prefractionation was performed. This identified the pyrido[2,3-d]pyrimidine-based compound VI16832 as highly efficient capture molecule for broad kinase enrichment. The VI16832 affinity resin was further utilized for the comparative analysis of relative cellular kinase expression and for phosphorylation site mapping on protein kinases. Additional studies identified known and previously unknown targets and m...     »

Diese Dissertation befasst sich mit neuen Ansätzen zur massenspektrometrischen Analyse von Proteinkinasen. In einem Vergleich verschiedener immobilisierter Kinaseinhibitoren wurde das Pyrido[2,3-d]pyrimidine-basierte Molekül VI16832 als hocheffizienter Affinitätsligand zur Kinaseanreicherung identifiziert. Dieses Molekül wurde nachfolgend verwendet um relative zelluläre Kinaseexpressionslevel sowie Phosphorylierungsstellen an Kinasen zu bestimmen. In weiteren Studien konnten für den Kinaseinhibitor Imatinib bekannte und bisher unbekannte zelluläre Zielproteine sowie mehr als 70 regulierte Phosphorylierungsstellen an nachgeschalteten Signaltransduktionsproteinen identifiziert werden. Zudem wurde eine chemsich-genetische Strategie zur systematischen Analyse von zellulären Proteinkinase-Substrat Beziehungen etabliert. In diesem Teil der Arbeit wurden für Polo-like kinase 1 insgesamt 284 zelluläre Substratproteine identifiziert.     «

Diese Dissertation befasst sich mit neuen Ansätzen zur massenspektrometrischen Analyse von Proteinkinasen. In einem Vergleich verschiedener immobilisierter Kinaseinhibitoren wurde das Pyrido[2,3-d]pyrimidine-basierte Molekül VI16832 als hocheffizienter Affinitätsligand zur Kinaseanreicherung identifiziert. Dieses Molekül wurde nachfolgend verwendet um relative zelluläre Kinaseexpressionslevel sowie Phosphorylierungsstellen an Kinasen zu bestimmen. In weiteren Studien konnten für den Kinaseinhibi...     »