Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Alim, Karen (Prof. Dr.)
Sprache:
en
Fachgebiet:
PHY Physik
TU-Systematik:
PHY 820
Kurzfassung:
Understanding the structure of protein assemblies plays a pivotal role in discovering their function. The focus of this work is on the application of MD simulations in the structural analysis of protein assemblies. A self-learning accelerated-sampling scheme that specifically compensates for low free-energy conformations is introduced and utilized to explore conformational changes in bacterial Argonaute protein in the absence of substrate and upon binding to guide and target DNA strands.
Übersetzte Kurzfassung:
Das Verständnis der Struktur von Proteinverbänden spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung ihrer Funktion. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Anwendung von MD-Simulationen für die Strukturanalyse von Proteinverbänden. Ein selbstlernendes, beschleunigtes Abtastverfahren, das speziell Konformationen mit niedriger freier Energie kompensiert, wird eingeführt und verwendet, um Konformationsänderungen des bakteriellen Argonaute-Proteins in Abwesenheit von Substrat und nach Bindung an Leit- und Ziel-DNA-Stränge zu untersuchen.
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Das Verständnis der Struktur von Proteinverbänden spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung ihrer Funktion. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Anwendung von MD-Simulationen für die Strukturanalyse von Proteinverbänden. Ein selbstlernendes, beschleunigtes Abtastverfahren, das speziell Konformationen mit niedriger freier Energie kompensiert, wird eingeführt und verwendet, um Konformationsänderungen des bakteriellen Argonaute-Proteins in Abwesenheit von Substrat und nach Bindung a...
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