The generating structure of spatial conformation dynamics
Translated title:
Die generierende Struktur räumlicher Konformationsdynamik
Author:
Bittracher, Andreas
Year:
2016
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Mathematik
Advisor:
Junge, Oliver (Prof. Dr.)
Referee:
Junge, Oliver (Prof. Dr.); Hartmann, Carsten (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
MAT Mathematik
TUM classification:
MAT 650d
Abstract:
This thesis develops a new approximation method for the transfer operator of a momentum-averaged Langevin equation. This transfer operator can be used to detect metastable sets and thus occurs in classical molecular conformation dynamics. It is shown to possess a generator-like analytic structure despite not forming a time-semigroup. This is exploited to discretize the operator without the computationally expensive time-integration and momentum-averaging steps of established methods. The performance of the new method is evaluated both analytically and by numerical examples.
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This thesis develops a new approximation method for the transfer operator of a momentum-averaged Langevin equation. This transfer operator can be used to detect metastable sets and thus occurs in classical molecular conformation dynamics. It is shown to possess a generator-like analytic structure despite not forming a time-semigroup. This is exploited to discretize the operator without the computationally expensive time-integration and momentum-averaging steps of established methods. The perform...
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Translated abstract:
Diese Arbeit entwickelt ein neues Approximationsverfahren für den Transferoperator einer impulsgemittelten Langevin-Gleichung. Dieser Transferoperator kann zum Auffinden metastabilier Mengen verwendet werden, weshalb er in der klassischen molekularen Konformationsdynamik vorkommt. Ihm wird eine generator-artige analytische Struktur nachgewiesen, obwohl er keine Zeit-Halbgruppe bildet. Dies wird benutzt um den Operator ohne die rechnerisch aufwendigen Zeitintegrations- und Impulsmittelungsschritte etablierter Methoden zu diskretisieren. Die Leistung der neuen Methode wird analytisch und anhand von numerischen Beispielen bewertet.
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Diese Arbeit entwickelt ein neues Approximationsverfahren für den Transferoperator einer impulsgemittelten Langevin-Gleichung. Dieser Transferoperator kann zum Auffinden metastabilier Mengen verwendet werden, weshalb er in der klassischen molekularen Konformationsdynamik vorkommt. Ihm wird eine generator-artige analytische Struktur nachgewiesen, obwohl er keine Zeit-Halbgruppe bildet. Dies wird benutzt um den Operator ohne die rechnerisch aufwendigen Zeitintegrations- und Impulsmittelungsschritt...
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