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Original title:
Geometric Diffusions for Reconstruction of Cell Differentiation Dynamics
Translated title:
Rekonstruktion von Zelldifferenzierungsdynamiken mittels Geometrischer Diffusion
Author:
Haghverdi, Laleh
Year:
2016
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Mathematik
Advisor:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.)
Referee:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.); Fornasier, Massimo (Prof. Dr.); Maggioni, Mauro (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
MAT Mathematik
Keywords:
Diffusion maps, Single-cell, differentiation, clustering, pseudotime
TUM classification:
BIO 110d; MAT 022d
Abstract:
The temporal order of differentiating cells is intrinsically encoded in their single-cell expression profiles. In this dissertation an adaptation of geometric diffusions is proposed to robustly estimate this order. The developed method makes it possible to reconstruct the developmental progression of cells and identify transient or metastable states, branching decisions and differentiation endpoints.
Translated abstract:
Die zeitliche Anordnung von sich teilenden Zellen ist intrinsisch in ihren Einzelzell-Expressionsprofilen kodiert. In dieser Dissertation wird eine Erweiterung von Geometrischer Diffusion zur robusten Schätzung dieser Ordnung vorgeschlagen. Die entwickelte Methode ermöglicht die Rekonstruktion des Entwicklungsstadiums der Zellen, sowie die Identifikation von metastabilen Zuständen, Verzweigungen und Endpunkten des Entwicklungsprozesses.
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1325451
Date of submission:
19.09.2016
Oral examination:
15.12.2016
File size:
26310746 bytes
Pages:
138
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20161215-1325451-1-1
Last change:
15.12.2017
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