Assembly and Analysis of Next-Generation Sequencing Data

Schwarzmayr, Thomas

User: Guest

Datenverarbeitung, Informatik

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Original title:: Assembly and Analysis of Next-Generation Sequencing Data
Translated title:: Assemblierung und Analyse von Next-Generation Sequenzdaten
Author:: Schwarzmayr, Thomas
Year:: 2017
Document type:: Dissertation
Faculty/School:: Fakultät für Informatik
Advisor:: Rost, Burkhard (Prof. Dr.)
Referee:: Rost, Burkhard (Prof. Dr.); Strom, Tim M. (Priv.-Doz. Dr.)
Language:: en
Subject group:: BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik
TUM classification:: BIO 110d
Abstract:: RNA sequencing (RNA-seq) has become a major method for the analysis of the transcriptome. In the course of this PhD project, more than 1,500 RNA-seq samples have been analyzed. An automated RNA-seq data analysis pipeline was implemented to allow for a convenient and user-friendly way to process these data. On top of that, different methods and parameters were investigated in order to provide reliable results. These results are stored in a relational database and can be browsed via a web application. «
RNA sequencing (RNA-seq) has become a major method for the analysis of the transcriptome. In the course of this PhD project, more than 1,500 RNA-seq samples have been analyzed. An automated RNA-seq data analysis pipeline was implemented to allow for a convenient and user-friendly way to process these data. On top of that, different methods and parameters were investigated in order to provide reliable results. These results are stored in a relational database and can be browsed via a web applicat... »
Translated abstract:: RNA Sequencing (RNA-seq) ist zu einer wichtigen Methode für die Analyse des Transkriptoms geworden. Mehr als 1.500 RNA-seq Proben wurden im Laufe dieses Dissertationsprojekts analysiert. Um diese Daten einfach und benutzerfreundlich analysieren zu können, wurde eine automatisierte RNA-seq Daten Analyse Pipeline entwickelt. Zusätzlich wurden Methoden und Parameter untersucht, um verlässliche Ergebnisse zu gewährleisten. Diese Ergebnisse werden in einer relationalen Datenbank gespeichert und können mittels einer Webapplikation durchsucht werden. «
RNA Sequencing (RNA-seq) ist zu einer wichtigen Methode für die Analyse des Transkriptoms geworden. Mehr als 1.500 RNA-seq Proben wurden im Laufe dieses Dissertationsprojekts analysiert. Um diese Daten einfach und benutzerfreundlich analysieren zu können, wurde eine automatisierte RNA-seq Daten Analyse Pipeline entwickelt. Zusätzlich wurden Methoden und Parameter untersucht, um verlässliche Ergebnisse zu gewährleisten. Diese Ergebnisse werden in einer relationalen Datenbank gespeichert und könne... »
WWW:: https://mediatum.ub.tum.de/?id=1361029
Date of submission:: 31.05.2017
Oral examination:: 23.11.2017
File size:: 25322622 bytes
Pages:: 175
Urn (citeable URL):: https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20171123-1361029-1-1
Last change:: 11.12.2017
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