Küster, Bernhard (Prof. Dr.); Mewes, Hans-Werner (Prof. Dr.); Kohlbacher, Oliver (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften; CHE Chemie
TUM classification:
CHE 828d
Abstract:
Providing open and unrestricted access to mass spectrometry-based proteomics data offers researchers the ability to cross-compare their findings with previously conducted experiments. This thesis describes the implementation of ProteomicsDB, a versatile and performant database to store and analyze proteomics as well as transcriptomics data. ProteomicsDB was used to assemble and analysis a first draft of the human proteome. Based on this dataset, a novel protein false discovery estimation strategy designed for big data was developed.
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Providing open and unrestricted access to mass spectrometry-based proteomics data offers researchers the ability to cross-compare their findings with previously conducted experiments. This thesis describes the implementation of ProteomicsDB, a versatile and performant database to store and analyze proteomics as well as transcriptomics data. ProteomicsDB was used to assemble and analysis a first draft of the human proteome. Based on this dataset, a novel protein false discovery estimation strateg...
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Translated abstract:
Die Bereitstellung von Daten aus massenspektrometrie-basierten Experimenten erlaubt es Wissenschaftlern eigene Ergebnisse mit veröffentlichten Experimenten zu vergleichen. Diese Arbeit beschreibt die Implementierung von ProteomicsDB, einer Datenbank zur Speicherung und Analyse von Daten aus Proteomik- sowie Transkriptomik-Experimenten. ProteomicsDB wurde zur Erstellung eines ersten Entwurfs des menschlichen Proteoms verwendet. Auf Basis dieser Daten wurde ein neues Verfahren für die Abschätzung der Protein False Discovery Rate entwickelt.
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Die Bereitstellung von Daten aus massenspektrometrie-basierten Experimenten erlaubt es Wissenschaftlern eigene Ergebnisse mit veröffentlichten Experimenten zu vergleichen. Diese Arbeit beschreibt die Implementierung von ProteomicsDB, einer Datenbank zur Speicherung und Analyse von Daten aus Proteomik- sowie Transkriptomik-Experimenten. ProteomicsDB wurde zur Erstellung eines ersten Entwurfs des menschlichen Proteoms verwendet. Auf Basis dieser Daten wurde ein neues Verfahren für die Abschätzung...
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