A chemical proteomic strategy for studying pyridoxal phosphate-dependent enzymes
Translated title:
Eine proteomische Strategie zur Untersuchung Pyridoxalphosphat-abhängiger Enzyme
Author:
Hoegl, Annabelle
Year:
2018
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Chemie
Advisor:
Sieber, Stephan A. (Prof. Dr.)
Referee:
Sieber, Stephan A. (Prof. Dr.); Lang, Kathrin (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
CHE Chemie
Abstract:
Pyridoxal phosphate-dependent enzymes (PLP-DEs) are ubiquitous, catalytically diverse and essential for basic metabolism. A chemical proteomic strategy was developed for reporting on PLP-DEs in cells using functionalized PL-cofactor mimics. Biochemical, crystallographic and quantitative MS studies show that the probes are effectively absorbed, metabolized and integrated into biological systems. Our method enabled access to 73% of the Staphylococcus aureus PLP-ome and could be used to identify new PLP-DEs, screen for drug off-targets and probe enzyme active sites.
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Pyridoxal phosphate-dependent enzymes (PLP-DEs) are ubiquitous, catalytically diverse and essential for basic metabolism. A chemical proteomic strategy was developed for reporting on PLP-DEs in cells using functionalized PL-cofactor mimics. Biochemical, crystallographic and quantitative MS studies show that the probes are effectively absorbed, metabolized and integrated into biological systems. Our method enabled access to 73% of the Staphylococcus aureus PLP-ome and could be used to identify ne...
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Translated abstract:
Pyridoxalphosphat-abhängige Enzyme (PLP-DEs) sind vielfältig und für den Metabolismus essentiell. Zur Untersuchung zellulärer PLP-DEs wurde eine proteomische Methode mittels PL-Cofaktor Derivaten entwickelt. Durch biochemische und MS-basierte Studien konnte nachgewiesen werden, dass die Sonden effektiv aufgenommen, metabolisiert und in biologische Netzwerke eingebaut werden. Mithilfe dieser Strategie konnten 73% des PLP-oms von Staphylococcus aureus sowie neue PLP-DEs, off-targets von Medikamenten und aktive Zentren von Enzymen identifiziert werden.
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Pyridoxalphosphat-abhängige Enzyme (PLP-DEs) sind vielfältig und für den Metabolismus essentiell. Zur Untersuchung zellulärer PLP-DEs wurde eine proteomische Methode mittels PL-Cofaktor Derivaten entwickelt. Durch biochemische und MS-basierte Studien konnte nachgewiesen werden, dass die Sonden effektiv aufgenommen, metabolisiert und in biologische Netzwerke eingebaut werden. Mithilfe dieser Strategie konnten 73% des PLP-oms von Staphylococcus aureus sowie neue PLP-DEs, off-targets von Medikament...
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