Ein Ziel der Genomanalyse landwirtschaftlicher Nutztiere ist es, genetische Variation auf molekularer Ebene aufzuklären. Um die molekulare Struktur von Loci, die quantitativer Variation zugrunde liegen (QTL, Quantitative Trait Locus), untersuchen zu können, werden die interessierenden Genomregionen kloniert. Als Hilfsmittel werden dazu Large Insert Banken, in denen das Genom der Zielspezies in Form langer DNA-Fragmente kloniert ist, eingesetzt. Als Ressource für die Erforschung des Rindergenoms wurde eine bovine BAC-Bank (Bacterial Artificial Chromosome) erstellt. Diese BAC-Bank wurde für die physische Kartierung einer QTL-Region auf dem bovinen Chromosom 20 (BTA20) verwendet. Die BAC-Bank wurde aus der DNA der Leukozyten eines männlichen Kalbes der Rasse Holstein-Friesian erstellt. Ligiert wurde die partialverdaute und mittels einer modifizierten Strategie der Puls-Feld-Gelelektrophorese größensortierte DNA in den Klonierungsvektor pBACe3.6. Transformiert wurde der Bakterienstamm Escherichia coli DH10B durch Elektroporation. Für die physische Kartierung von BTA20 wurden Loci aus den Genomkarten des Rindes und der Radiation Hybrid Karte des homologen Chromosom 5 des Menschen (HSA5) ausgewählt. Bac-Klone, die diese Loci enthielten, wurden isoliert und mittels Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) physisch kartiert. Ausserdem wurden die Loci mittels Zwei-Farben-FISH unterschiedlich markierter BAC-Klone zueinander angeordnet und unter Verwendung eines bovinen Radiation Hybrid Panels in die bestehende Radiation Hybrid Karte von BTA20 eingefügt. In ausgewählten Kandidatengenen wurden Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) identifiziert. Es wurden 13 Loci physisch kartiert, davon 4 erstmalig beim Rind. Die zytogenetische Karte von BTA20 wurde um 9 Loci erweitert und die Radiation Hybrid Karte um 7 Loci. Die Anordnung der Loci zeigte eine gute Übereinstimmung der ermittelten Genreihenfolge mit der des Menschen. Bei der Verwendung verschiedener Kartierungsmethoden zeigte der verwendete Radiation Hybrid Panel überraschenderweise eine geringere Auflösung als die Methode der FISH.    «

Ein Ziel der Genomanalyse landwirtschaftlicher Nutztiere ist es, genetische Variation auf molekularer Ebene aufzuklären. Um die molekulare Struktur von Loci, die quantitativer Variation zugrunde liegen (QTL, Quantitative Trait Locus), untersuchen zu können, werden die interessierenden Genomregionen kloniert. Als Hilfsmittel werden dazu Large Insert Banken, in denen das Genom der Zielspezies in Form langer DNA-Fragmente kloniert ist, eingesetzt. Als Ressource für die Erforschung des Rindergenoms...    »

One objective in analysing the genome of farm animals is the investigation of genetic variation on a molecular basis. In order to study the molecular structure of loci that cause quantitative variation (QTL, Quantitative Trait Loci), the genome region of interest is cloned. Large insert libraries are generally used for that purpose. As a resource for the investigation of the bovine genome a bacterial artificial chromosome (BAC) library was created. This BAC library was applied to physical mapping of a QTL region on bovine chromosome 20 (BTA20). Leukocyte DNA of a male Holstein calf represented the DNA source. As a cloning vector pBACe3.6 was chosen for the ligation of the partially digested DNA, which was size-selected following a modified protocol of pulsed-field-gel electrophoresis. Transformation was accomplished by electroporation of the host cell Escherichia coli strain DH10B. Loci for physical mapping of BTA20 were selected from existing chromosome maps of cattle and from a radiation hybrid map of homologous human chromosome 5 (HSA5). BAC clones were isolated applying different screening methods, and physically mapped by fluorescence in situ hybridisation (FISH). Subsequently these loci were ordered relative to each other using two-colour-FISH and added to the existing radiation hybrid map of BTA20 by screening a bovine radiation hybrid panel. Single nucleotide polymorphisms were identified in selected candidate genes by sequencing a test panel of animals from different breeds. In total, 13 loci could be physically mapped, 4 of which were assigned for the first time in cattle. The cytogenetic map of BTA20 was extended by 9 loci, as could the radiation hybrid map be completed by 7 loci. The accomplished order of loci was in good agreement with its homologue on HSA5. When comparing different mapping methods, the applied radiation hybrid panel showed less resolution than did FISH.    «

One objective in analysing the genome of farm animals is the investigation of genetic variation on a molecular basis. In order to study the molecular structure of loci that cause quantitative variation (QTL, Quantitative Trait Loci), the genome region of interest is cloned. Large insert libraries are generally used for that purpose. As a resource for the investigation of the bovine genome a bacterial artificial chromosome (BAC) library was created. This BAC library was applied to physical mappin...    »