The KdpFABC complex of E. coli, a P-type ATPase (class IA), is a high-affinity K+ uptake system that operates only when the cell experiences severe K+ limitation. The tertiary structure of the nucleotide binding domain, KdpBN, was solved by solution NMR spectroscopy at a backbone RMSD of 0.17 Å over ordered residues. Furthermore, a model of the AMP-PNP binding mode based on intermolecular distance restraints from an isotope-filtered 2D NOESY spectrum revealed an hitherto unknown binding mechanism for this class of enzymes. The data were corroborated by NMR titration experiments and STD spectroscopy. The purine ring of the nucleotide is clipped into the binding pocket via a π-π-interaction to F377 on one side and a cation-π-interaction to K395 on the other. The absence of residues F and K, which are crucial for the clipping-mode, in heavy metal transporting P-type ATPases (class IB) suggest a different nucleotide binding mode and therefore KdpB seems to be misgrouped as a class I P-type ATPase. Furthermore, the solution structure of cyclo(-Tic-L-D-T-D-p-), a potent α4β7 integrin antagonist, was solved by NMR spectroscopy.     «

The KdpFABC complex of E. coli, a P-type ATPase (class IA), is a high-affinity K+ uptake system that operates only when the cell experiences severe K+ limitation. The tertiary structure of the nucleotide binding domain, KdpBN, was solved by solution NMR spectroscopy at a backbone RMSD of 0.17 Å over ordered residues. Furthermore, a model of the AMP-PNP binding mode based on intermolecular distance restraints from an isotope-filtered 2D NOESY spectrum revealed an hitherto unknown binding mechanis...     »

Der KdpFABC Komplex, eine P-typ ATPase (Klasse IA) von E. coli, ist ein hochaffiner K+ Transporter, welcher nur in Notfällen exprimiert wird. Die Struktur der Nucleotidbindedomäne, KdpBN, wurde mittels hochauflösender NMR-Spektroskopie aufgeklärt. Die Struktur konnte mit einer RMSD von 0.17 Å über die strukturierten Abschnitte des Proteinrückgrats gelöst werden. Die Nucleotidbindetasche wurde durch NMR-Titration, STD Spektroskopie und ein isotopengefiltertes NOESY Experiment genau definiert. Ein neuartiger Nucleotidbindemodus, das Clipping, wurde identifiziert. Der Purinring wird von einer Seite von F377 durch ein π-π-stacking und von der anderen Seite von K395 durch ein cation-π-stacking in der Bindungstasche stabilisiert. Die Absenz von F und K und damit des Clippings bei den Schwermetall-ATPasen (Klasse IB) läßt auf eine falsche Eingruppierung von KdpB (derzeit Klasse IA) schließen. Ferner wurde die Struktur von cyclo(-Tic-L-D-T-D-p-), einem potenten α4β7 Integrin Antagonisten mittels NMR-Spektroskopie aufgeklärt.     «

Der KdpFABC Komplex, eine P-typ ATPase (Klasse IA) von E. coli, ist ein hochaffiner K+ Transporter, welcher nur in Notfällen exprimiert wird. Die Struktur der Nucleotidbindedomäne, KdpBN, wurde mittels hochauflösender NMR-Spektroskopie aufgeklärt. Die Struktur konnte mit einer RMSD von 0.17 Å über die strukturierten Abschnitte des Proteinrückgrats gelöst werden. Die Nucleotidbindetasche wurde durch NMR-Titration, STD Spektroskopie und ein isotopengefiltertes NOESY Experiment genau definiert. Ein...     »