Ziel der vorliegenden Arbeit war die Charakterisierung von Angehörigen des Phylums Acidobacteria durch Analyse von Sequenzen aus der Umwelt und durch Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung in Umweltproben sowie die Entwicklung von Methoden zur Isolierung von Vertretern dieses Phylums. Die ursprüngliche Strategie folgte der Anreicherung durch Polynukleotidsonden-gestütztes Zellfischen, das die Ausbildung eines sogenannten Halosignales um die Zielzelle erfordert. Um Hybridisierungen mit Polynukleotidsonden in komplexem Probenmaterial zu optimieren, wurden DNA- anstelle der klassischen RNA-Polynukleotidsonden eingesetzt, was eine Steigerung der Hybridisierungsqualität zur Folge hatte und zur Ausbildung der gewünschten Halos, ähnlich wie bei Transkriptsonden, führte. An den sieben zum Versuchszeitpunkt gültig beschriebenen Typstämmen der Gattung Acinetobacter wurde die Spezifität von DNA-Polynukleotidsonden evaluiert und die Position der maßgeblichen Zielregion aufgeklärt. Im Verlauf dieser Untersuchungen stellten sich tiefgreifende Diskrepanzen zwischen Hybridisierungsergebnissen mit 23S-rRNA-gerichteten Polynukleotidsonden und einer von 16S-rRNA-Daten abgeleiteten Phylogenie der Gattung Acinetobacter heraus, die eine Sequenzierung der 23S-rRNA der untersuchten Arten erforderten. Eine auf 23S-rRNA-Sequenzinformationen basierende Phylogenie der Gattung Acinetobacter stand im Einklang einerseits mit den gefundenen Polynukleotidsonden-Hybridisierungsergebnissen und andererseits mit Ergebnissen früherer Studien, die beispielsweise auf DNA-DNA-Hybridisierung beruhten. Auf Grundlage der im Rahmen dieser Arbeit ermittelten 23S-rRNA-Vollsequenzen der Arten Geothrix fermentans und Acidobacterium capsulatum sowie Teilsequenzen unkultivierter Acidobacteria aus verschiedenen Habitaten konnten Oligonukleotidsonden hierarchisch überlappender Spezifität für dieses Phylum und einzelne Teilgruppen entwickelt werden, die die Detektion der entsprechenden nur durch Klonsequenzen bekannten Organismen in fixierten Umweltproben ermöglichten. Wurden diese Zellen jedoch mit DNA-Polynukleotidsonden, die durch Amplifikation von Plasmid-DNA der entsprechenden Klone hergestellt worden waren, hybridisiert, blieb die Bildung von Halos aus. Auch durch eine Vervielfachung der Sondenlänge konnte die Entstehung von Halos nicht herbeigeführt werden. Dieses Phänomen erforderte den Einsatz anderer Methoden zur Isolierung von Einzelzellen aus komplexen Proben: Je nach Beschaffenheit des Probenmaterials wurden Durchflußcytometrie oder Mikromanipulation angewendet. Dies ermöglichte die Isolierung von durch Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung identifizierten Zielorganismen aus dem Phylum Acidobacteria.     «

Ziel der vorliegenden Arbeit war die Charakterisierung von Angehörigen des Phylums Acidobacteria durch Analyse von Sequenzen aus der Umwelt und durch Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung in Umweltproben sowie die Entwicklung von Methoden zur Isolierung von Vertretern dieses Phylums. Die ursprüngliche Strategie folgte der Anreicherung durch Polynukleotidsonden-gestütztes Zellfischen, das die Ausbildung eines sogenannten Halosignales um die Zielzelle erfordert. Um Hybridisierungen mit Polynukleotids...     »

Previously unculturable organisms of the phylum Acidobacteria from several habitats were characterized by means of 16S rRNA sequence analyses and fluorescence in situ hybridizations using oligo- and polynucleotide probes. Based on 23S rRNA sequence data, oligonucleotide probe sets of hierarchically overlapping specifities were designed. Acidobacteria of several lines of descent could be identified in situ in samples of acitvated sludge and microbial mats of a karstic cave and enriched by flow cytometry and micromanipulation.     «

Previously unculturable organisms of the phylum Acidobacteria from several habitats were characterized by means of 16S rRNA sequence analyses and fluorescence in situ hybridizations using oligo- and polynucleotide probes. Based on 23S rRNA sequence data, oligonucleotide probe sets of hierarchically overlapping specifities were designed. Acidobacteria of several lines of descent could be identified in situ in samples of acitvated sludge and microbial mats of a karstic cave and enriched by flow cy...     »