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- Original title:
- Enabling large-scale mass spectrometry-based proteomic profiling of patient-derived formalin-fixed paraffin-embedded tissue
- Translated title:
- Ermöglichung der Massenspektrometrie basierten proteomischen Profilierung von Formalin-fixiertem Paraffin-eingebettetem Patientengewebe in großem Maßstab
- Author:
- Eckert, Stephan
- Year:
- 2025
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- TUM School of Life Sciences
- Institution:
- Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik (Prof. Küster)
- Advisor:
- Küster, Bernhard (Prof. Dr.)
- Referee:
- Küster, Bernhard (Prof. Dr.); Lichtenthaler, Stefan (Prof. Dr.); Schilling, Oliver (Prof. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- BIO Biowissenschaften; CHE Chemie
- TUM classification:
- CHE 828
- Abstract:
- FFPE specimens are crucial for cancer research with innumerable samples available for retrospective studies. Their proteomic profiling has advanced, yet scalable workflows remain a challenge. In this thesis a robust method, combining nanoflow LC, FAIMS, and MS/MS, was developed balancing analysis depth and throughput. Applied to >1k cases, the largest pan-cancer FFPE proteomic dataset was generated, guiding future large-scale cancer studies.
- Translated abstract:
- Die zahllosen, für retrospektive Studien verfügbaren, FFPE-Proben sind bedeutend für die Krebsforschung. Deren proteomische Analyse hat Fortschritte gemacht, skalierbare Workflows bleiben noch herausfordernd. In dieser Arbeit wurde durch Kombination von LC, FAIMS und MS/MS eine Methode entwickelt, die Analysentiefe und Durchsatz balanciert. Angewandt auf >1k Fälle wurde der größte proteomische Pan-Cancer FFPE Datensatz generiert, der Anleitung für zukünftige große Krebsstudien bereitstellt.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1772172
- Date of submission:
- 21.02.2025
- Oral examination:
- 16.05.2025
- File size:
- 10565396 bytes
- Pages:
- 154
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:91-diss-20250516-1772172-0-4
- Last change:
- 24.06.2025
BibTeX