Towards a System Biology Approach For Alternative Splicing
Translated title:
Auf dem Weg zu einem systembiologischen Ansatz für alternatives Spleißen
Author:
Louadi, Zakaria
Year:
2023
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Life Sciences
Advisor:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
Referee:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Baumbach, Jan (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
DAT Datenverarbeitung, Informatik
Keywords:
Alternative splicing, bioinformatics, system biology, Protein-protein interaction
TUM classification:
BIO 110
Abstract:
Alternative splicing (AS) plays a major role in regulating the functional repertoire of the proteome. However, isoform-specific functions are often overlooked. Here, I first developed DIGGER, an isoform- and exon- specific interactions database. I further designed NEASE, a functional enrichment method that relies on protein interactions affected by AS rather than their genes. DIGGER and NEASE tools provide essential resources for studying the mechanistic consequences of AS in systems medicine.
Translated abstract:
Das alternative Spleißen (AS) spielt eine wichtige Rolle bei der Erweiterung des Proteoms. Isoformspezifische Funktionen werden jedoch oft übersehen. Hier habe ich zunächst DIGGER entwickelt, eine isoformspezifische Interaktionsdatenbank. Außerdem habe ich NEASE entwickelt, eine funktionelle Anreicherungsmethode, die sich auf Proteininteraktionen stützt, die von AS betroffen sind, und nicht auf deren Gene. DIGGER und NEASE bieten wesentliche Ressourcen für die Untersuchung der Folgen von AS.
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