Login
- Original title:
- Modeling of Protein Assemblies Through Global Docking and Accelerated Molecular Dynamics Simulation
- Translated title:
- Modellierung von Proteinverbänden durch globales Andocken und beschleunigte Molekulardynamiksimulation
- Author:
- Pourjafar-Dehkordi, Danial
- Year:
- 2022
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- Fakultät für Physik
- Advisor:
- Zacharias, Martin (Prof. Dr.)
- Referee:
- Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Alim, Karen (Prof. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- PHY Physik
- TUM classification:
- PHY 820
- Abstract:
- Understanding the structure of protein assemblies plays a pivotal role in discovering their function. The focus of this work is on the application of MD simulations in the structural analysis of protein assemblies. A self-learning accelerated-sampling scheme that specifically compensates for low free-energy conformations is introduced and utilized to explore conformational changes in bacterial Argonaute protein in the absence of substrate and upon binding to guide and target DNA strands.
- Translated abstract:
- Das Verständnis der Struktur von Proteinverbänden spielt eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung ihrer Funktion. Der Schwerpunkt dieser Arbeit liegt auf der Anwendung von MD-Simulationen für die Strukturanalyse von Proteinverbänden. Ein selbstlernendes, beschleunigtes Abtastverfahren, das speziell Konformationen mit niedriger freier Energie kompensiert, wird eingeführt und verwendet, um Konformationsänderungen des bakteriellen Argonaute-Proteins in Abwesenheit von Substrat und nach Bindung a... »
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1624504
- Date of submission:
- 17.09.2021
- Oral examination:
- 07.02.2022
- File size:
- 4049168 bytes
- Pages:
- 94
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20220207-1624504-1-1
- Last change:
- 28.02.2022
BibTeX