Some proteins locate their target sequence on DNA surprisingly fast in vitro. The classical theoretical model of facilitated diffusion explains this behaviour as a result of a beneficial combination of three-dimensional search phases in the bulk solution and one-dimensional sliding along DNA. In the present work the scope of this model is extended to living bacterial cells, where the presence of many biomolecules in the finite cell volume and the genome structure need to be taken into account.
Translated abstract:
In vitro finden manche Proteine ihre Ziel-Sequenz auf der DNS erstaunlich schnell. Das klassische Facilitated-Diffusion-Modell erklärt dieses Verhalten mit der Vereinigung von dreidimensionalen Such-Phasen in der Lösung und dem eindimensionalen Gleiten entlang der DNS. Die vorliegende Arbeit erweitert die Ansätze auf die Beschreibung lebender Zellen, wobei die Präsenz vieler anderer Biomoleküle im endlichen Zellvolumen und die Struktur des Genoms berücksichtigt werden muss.
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