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Original title:
Phenotype prediction from evolutionary sequence covariation
Translated title:
Vorhersage von Phänotypen aus evolutionärer Sequenz-Kovariation
Author:
Hopf, Thomas
Year:
2016
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Informatik
Advisor:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.)
Referee:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.); Marks, Debora (Prof. Dr.); Pilpel, Yilzhak (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik; NAT Naturwissenschaften (allgemein)
TUM classification:
BIO 110d
Abstract:
The relationship between genotype and phenotype is a major open question in biology. We developed computational coevolutionary approaches that use patterns of amino acid covariation to predict phenotypes from abundantly available genotype data on different levels: protein structures, their complexes, and the phenotypic effects of mutations. We successfully validated our methods on experimentally characterized examples and then applied them to obtain de novo predictions for unsolved proteins and...     »
Translated abstract:
Der Zusammenhang zwischen Genotyp und Phänotyp ist eine wichtige ungelöste Fragestellung der Biologie. Wir entwickelten rechnergestützte koevolutionäre Methoden, die Aminosäure-Kovariationsmuster zur Vorhersage von Phänotypen auf verschiedenen Ebenen aus der Fülle an verfügbaren Genotypdaten nutzen: Proteinstrukturen, ihre Komplexe und die phänotypischen Effekte von Mutationen. Wir validierten unsere Methoden erfolgreich auf experimentell charakterisierten Beispielen und wendeten sie dann an, um...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1279457
Date of submission:
29.10.2015
Oral examination:
26.02.2016
File size:
13688425 bytes
Pages:
131
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20160226-1279457-1-3
Last change:
21.03.2016
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