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Original title:
Towards Reproducibility in Alternative Splicing Analysis
Translated title:
Auf dem Weg zur Reproduzierbarkeit bei der Analyse des alternativen Spleißens
Author:
Fenn, Amit M.
Year:
2023
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Life Sciences
Advisor:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.)
Referee:
Frischmann, Dmitrij (Prof. Dr.); Baumbach, Jan (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik
Keywords:
RNA-Seq, Alternative Splicing, Alignment, benchmark, ChIP-Seq
TUM classification:
BIO 110
Abstract:
Alternative Splicing (AS) gives rise to a diversity of proteins from a gene by editing RNA and reshuffling the protein coding sequences. This thesis presents 3 new tools to the study of AS: ASimulatoR, a RNA-Seq simulator for gold standard datasets; DICAST a modular framework for benchmarking AS-event detection and RNA-Seq alignment tools and DASiRe, a web-tool to integrate RNA-Seq and ChIP-Seq data to identify proteins involved in splicing.
Translated abstract:
Durch Alternatives Spleißen (AS) entsteht eine Vielfalt von Proteinen aus einem Gen, indem die RNA geschnitten und die proteinkodierenden Sequenzen neu angeordnet werden. In dieser Arbeit werden drei neue Werkzeuge für die Untersuchung von AS vorgestellt: ASimulatoR, ein RNA-Seq-Simulator für Goldstandard-Datensätze; DICAST, ein modularer Rahmen für das Benchmarking von AS-Ereigniserkennung und RNA-Seq-Alignment-Tools und DASiRe, ein Web-Tool zur Integration von RNA-Seq- und ChIP-Seq-Daten zur...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1690667
Date of submission:
11.11.2022
Oral examination:
07.02.2023
File size:
5926214 bytes
Pages:
117
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20230207-1690667-1-6
Last change:
24.04.2023
 BibTeX