Candidate genes under differential selective pressure in two maize germplasm pools were identified based on allele frequency changes using a newly developed high-density genotyping array. Candidates were validated based on whole-genome sequencing data and outgroup information. Phenotypic effects of candidates were confirmed with an introgression library and it was shown with genomic analyses of landraces that selection on most of the candidates had occurred prior to modern breeding efforts.
Translated abstract:
An Hand eines neu entwickelten Genotypisierungsarrays wurden auf Basis von Allelfrequenzänderungen Kandidatengene identifiziert, die in zwei Maisgruppen differentiell selektiert worden waren. Die Kandidatengene wurden mittels Gesamtgenomsequenzdaten und Außengruppeninformation validiert und die phänotypische Auswirkung der Kandidaten wurde an Hand einer Introgressionsbibliothek nachgewiesen. Zudem wurde gezeigt, dass ein Großteil der Kandidaten bereits in Landrassen unter Selektionsdruck stand.