Experimental characterization of overlapping genes in enterohemorrhagic E. coli: Overexpression phenotypes and high-throughput NGS analysis of transcription start sites
Translated title:
Experimentelle Charakterisierung von überlappenden Genen in enterohämorrhagischem E. coli: Überexpressionsphänotypen und Hochdurchsatz NGS Analyse von Transkriptionsstarts
The genome of Escherichia coli O157:H7 EDL933 (EHEC) harbors 5498 annotated genes. This study shows that transcription of additional open reading frames (ORFs) overlapping annotated genes in a different reading frame starts at defined positions and seems to be regulated by environmental conditions. Even more, overexpression of 53 overlapping ORFs yields phenotypes indicating protein-dependent functionality. Therefore, overlapping open reading frames are transcribed and translated non-randomly, demonstrating the presence of numerous novel protein-coding genes in EHEC.
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The genome of Escherichia coli O157:H7 EDL933 (EHEC) harbors 5498 annotated genes. This study shows that transcription of additional open reading frames (ORFs) overlapping annotated genes in a different reading frame starts at defined positions and seems to be regulated by environmental conditions. Even more, overexpression of 53 overlapping ORFs yields phenotypes indicating protein-dependent functionality. Therefore, overlapping open reading frames are transcribed and translated non-randomly, d...
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Translated abstract:
Im Genom von Escherichia coli O157:H7 EDL933 (EHEC) sind 5498 Gene annotiert. Die vorliegende Arbeit zeigt, dass weitere offene Leserahmen (ORFs) in anderen Leserahmen definierte Transkriptionsstarts besitzen, die vermutlich durch Umweltbedingungen reguliert werden. Außerdem führt die Überexpression von 53 überlappenden ORFs zu Phänotypen, was auf ein protein-kodierendes Potential hinweist. Deshalb kann angenommen werden, dass überlappende offene Leserahmen gezielt transkribiert und translatiert werden. Dies zeigt, dass im Genom von EHEC zahlreiche neue protein-kodierende Gene vorhanden sind.
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Im Genom von Escherichia coli O157:H7 EDL933 (EHEC) sind 5498 Gene annotiert. Die vorliegende Arbeit zeigt, dass weitere offene Leserahmen (ORFs) in anderen Leserahmen definierte Transkriptionsstarts besitzen, die vermutlich durch Umweltbedingungen reguliert werden. Außerdem führt die Überexpression von 53 überlappenden ORFs zu Phänotypen, was auf ein protein-kodierendes Potential hinweist. Deshalb kann angenommen werden, dass überlappende offene Leserahmen gezielt transkribiert und translatiert...
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