This work describes the functional analysis of the three epigenetic regulated genes TFAP2E, TUSC3, RXFP3 as biomarkers for diagnosis, prognosis and response prediction of colorectal cancer. The coding sequences of all three marker genes were transfected into colorectal cancer cell lines which lacked endogenous expression of these genes due and functionally analysed using cell culture based assays. Changes in cell proliferation, apoptosis, migration and adhesion, stress response as well as response to chemotherapeutic agents were tested as those are hallmarks of cancer cells which could be used to elucidate the role of these genes in the tumor cells. Microarray based gene expression profiling was used for identification of downstream interaction factors and validated via quantitative PCR, chromatin immunoprecipitation and luciferase reporter assays. In sum, RXFP3 performed best for diagnostic purposes, TUSC3 could be useful as a prognostic tool since its hypermethylation correlates with lymph node invasion and TFAP2E could predict response to treatment with a standard chemotherapeutic agent.     «

This work describes the functional analysis of the three epigenetic regulated genes TFAP2E, TUSC3, RXFP3 as biomarkers for diagnosis, prognosis and response prediction of colorectal cancer. The coding sequences of all three marker genes were transfected into colorectal cancer cell lines which lacked endogenous expression of these genes due and functionally analysed using cell culture based assays. Changes in cell proliferation, apoptosis, migration and adhesion, stress response as well as respon...     »

In dieser Arbeit wurden molekulare Marker zur Verbesserung der Diagnostik, Prognose und Responseprädiktion für das kolorektale Karzinom hinsichtlich ihrer Funktion im Tumor funktionell untersucht. Drei epigenetisch regulierte Gene (TFAP2E, TUSC3, RXFP3) wurden durch Transfektion in kolorektale Karzinomzelllinien (jene ohne endogene Expression dieser Gene) funktionell mittels Zellkulturassays auf Veränderungen hinsichtlich Proliferation, Apoptosis, Migration und Adhäsion untersucht - die wesentlichen Chrakteristiken von Krebszellen - wodurch sich die Rolle der Kandidatengene in diesem Kontext herausarbeiten ließ. Mit Microarrays durchgeführte Expressionsanalysen wurden zur Identifizierung von Targetgenen benutzt und diese mittels quantitativer PCR und Chromatin-Immunopräzipitation sowie Luciferase Reporter Assays validiert. Ein untersuchter Marker -RXFP3- eignet sich am besten für diagnostische Zwecke, ein weiterer -TUSC3 - als prognostischer Faktor und TFAP2E stellte sich als Responseprädiktor für die Therapie mit einem Standardchemotherapeutikum heraus.     «

In dieser Arbeit wurden molekulare Marker zur Verbesserung der Diagnostik, Prognose und Responseprädiktion für das kolorektale Karzinom hinsichtlich ihrer Funktion im Tumor funktionell untersucht. Drei epigenetisch regulierte Gene (TFAP2E, TUSC3, RXFP3) wurden durch Transfektion in kolorektale Karzinomzelllinien (jene ohne endogene Expression dieser Gene) funktionell mittels Zellkulturassays auf Veränderungen hinsichtlich Proliferation, Apoptosis, Migration und Adhäsion untersucht - die wesentli...     »