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- Original title:
- Improvements to ribosome profiling analysis in E. coli K 12 and diverse prokaryotes, and the detection of antisense overlapping genes
- Translated title:
- Verbesserung der Ribosomal Profiling Analyse in E. coli K12 und diversen Prokaryoten, und die Detektion von antisense überlappenden Genen
- Author:
- Glaub, Alina Sophie
- Year:
- 2021
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- TUM School of Life Sciences
- Advisor:
- Scherer, Siegfried (Prof. Dr.)
- Referee:
- Scherer, Siegfried (Prof. Dr.); Neuhaus, Klaus (Priv-Doz. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- BIO Biowissenschaften
- TUM classification:
- BIO 260
- Abstract:
- Based on the evaluation of publicly available RIBO-Seq data for E. coli K12, recommendations were made to improve the experimental approach for detection of potential overlapping genes (OLGs). Their existence within diverse prokaryotic species was verified by comparative analyses of RIBO-Seq data including those focusing on sequence evolution as an indicator for functionality. Last, a RIBO Seq experiment was performed for Bacteroides thetaiotaomicron to potentially identify OLGs.
- Translated abstract:
- Publizierte E. coli K12 RIBO-Seq Datensätze wurden mit dem Ziel analysiert, Empfehlungen für die experimentelle Detektion von überlappenden Genen (OLGs) zu entwickeln. Zusätzlich wurden OLGs in diversen prokaryotischen RIBO-Seq Datensätzen nachgewiesen, deren Sequenzen auf der Grundlage ihrer evolutionären Entwicklung weitergehend verifiziert wurden. Es wurde ein RIBO-Seq Experiment für B. thetaiotaomicron durchgeführt, um auch in diesem Organismus OLGs zu detektieren.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1593707
- Date of submission:
- 08.02.2021
- Oral examination:
- 28.04.2021
- File size:
- 3415391 bytes
- Pages:
- 151
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20210428-1593707-1-3
- Last change:
- 14.06.2021
BibTeX