Bayesian structure determination from Chromosome Conformation Capture data and avenues to improve conformational sampling

Carstens, Simeon

Informatik 12 - Lehrstuhl für Bioinformatik (Prof. Rost)

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Originaltitel:: Bayesian structure determination from Chromosome Conformation Capture data and avenues to improve conformational sampling
Übersetzter Titel:: Bayes'sche Strukturbestimmung anhand von Chromosome Conformation Capture-Daten und Wege zur Verbesserung des Samplings von Konformationen
Autor:: Carstens, Simeon
Jahr:: 2016
Dokumenttyp:: Dissertation
Fakultät/School:: Fakultät für Informatik
Betreuer:: Rost, Burkhard (Prof. Dr.)
Gutachter:: Rost, Burkhard (Prof. Dr.); Nilges, Michael ( Priv.-Doz. Dr.)
Sprache:: en
Fachgebiet:: DAT Datenverarbeitung, Informatik
Stichworte:: Inferential Structure Determination, Bayesian structure determination, MCMC, Markov Chain Monte Carlo, Replica Exchange, Parallel Tempering, non-equilibrium statistical mechanics, 3C, HiC, Chromosome Conformation Capture, genome structure
Übersetzte Stichworte:: Inferentielle Strukturbestimmung, Bayes'sche Strukturbestimmung, MCMC, Markov-Ketten-Monte-Carlo, Replica Exchange, Parallel Tempering, Statistische Mechanik des Nichtgleichgewichts, 3C, HiC, Chromosome Conformation Capture, Genomstruktur
TU-Systematik:: BIO 110d
Kurzfassung:: The Inferential Structure Determination (ISD) framework is used to infer statistically well-defined structural ensembles of chromosomes from single-cell Chromosome Conformation Capture data and an extension to population-based data is presented. As ISD heavily relies on sampling from difficult probability distributions, a recently proposed sampling method, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), is tested extensively on protein systems and a scheme to adjust related methods is proposed. «
The Inferential Structure Determination (ISD) framework is used to infer statistically well-defined structural ensembles of chromosomes from single-cell Chromosome Conformation Capture data and an extension to population-based data is presented. As ISD heavily relies on sampling from difficult probability distributions, a recently proposed sampling method, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), is tested extensively on protein systems and a scheme to adjust related methods is pro... »
Übersetzte Kurzfassung:: Das Prinzip der Inferentiellen Strukturbestimmung (ISD) wird auf Chromosome Conformation Capture-Daten einzelner Zellen angewandt, um statistisch wohldefinierte Strukturensembles zu bestimmen. Des Weiteren wird eine Erweiterung für Daten aus Zellpopulationen vorgestellt. Das Ziehen von Stichproben aus komplizierten Wahrscheinlichkeitsverteilungen ist für ISD essentiell. Eine kürzlich vorgestellte Methode hierzu, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), wird ausführlich an Proteinsystemen getestet und ein Schema zum Anpassen verwandter Methoden präsentiert. «
Das Prinzip der Inferentiellen Strukturbestimmung (ISD) wird auf Chromosome Conformation Capture-Daten einzelner Zellen angewandt, um statistisch wohldefinierte Strukturensembles zu bestimmen. Des Weiteren wird eine Erweiterung für Daten aus Zellpopulationen vorgestellt. Das Ziehen von Stichproben aus komplizierten Wahrscheinlichkeitsverteilungen ist für ISD essentiell. Eine kürzlich vorgestellte Methode hierzu, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), wird ausführlich an Proteinsy... »
WWW:: https://mediatum.ub.tum.de/?id=1285536
Eingereicht am:: 16.12.2015
Mündliche Prüfung:: 11.03.2016
Dateigröße:: 12382403 bytes
Seiten:: 153
Urn (Zitierfähige URL):: https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20160311-1285536-1-7
Letzte Änderung:: 06.04.2016
BibTeX