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Originaltitel:
Geometric Diffusions for Reconstruction of Cell Differentiation Dynamics
Übersetzter Titel:
Rekonstruktion von Zelldifferenzierungsdynamiken mittels Geometrischer Diffusion
Autor:
Haghverdi, Laleh
Jahr:
2016
Dokumenttyp:
Dissertation
Fakultät/School:
Fakultät für Mathematik
Betreuer:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.)
Gutachter:
Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.); Fornasier, Massimo (Prof. Dr.); Maggioni, Mauro (Prof. Dr.)
Sprache:
en
Fachgebiet:
MAT Mathematik
Stichworte:
Diffusion maps, Single-cell, differentiation, clustering, pseudotime
TU-Systematik:
BIO 110d; MAT 022d
Kurzfassung:
The temporal order of differentiating cells is intrinsically encoded in their single-cell expression profiles. In this dissertation an adaptation of geometric diffusions is proposed to robustly estimate this order. The developed method makes it possible to reconstruct the developmental progression of cells and identify transient or metastable states, branching decisions and differentiation endpoints.
Übersetzte Kurzfassung:
Die zeitliche Anordnung von sich teilenden Zellen ist intrinsisch in ihren Einzelzell-Expressionsprofilen kodiert. In dieser Dissertation wird eine Erweiterung von Geometrischer Diffusion zur robusten Schätzung dieser Ordnung vorgeschlagen. Die entwickelte Methode ermöglicht die Rekonstruktion des Entwicklungsstadiums der Zellen, sowie die Identifikation von metastabilen Zuständen, Verzweigungen und Endpunkten des Entwicklungsprozesses.
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1325451
Eingereicht am:
19.09.2016
Mündliche Prüfung:
15.12.2016
Dateigröße:
26310746 bytes
Seiten:
138
Urn (Zitierfähige URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20161215-1325451-1-1
Letzte Änderung:
15.12.2017
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