Towards uncovering Transcriptomic Dynamics through Computational Analysis
Translated title:
Auf dem Weg zur Aufdeckung transkriptomischer Dynamik durch computergestützte Analyse
Author:
Lio, Chit Tong
Year:
2024
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
TUM School of Life Sciences
Institution:
Professur für Data Science in Systems Biology (Prof. List)
Advisor:
List, Markus (Prof., Ph.D.)
Referee:
List, Markus (Prof., Ph.D.); Baumbach, Jan (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften
Keywords:
alternative splicing; systems biology; time series; differential transcript usage; co-expression analysis;
TUM classification:
BIO 000
Abstract:
RNA in cells can be studied computationally using systems biology and dynamic data. Three key research areas are discussed in this dissertation: 1) the investigation of potential snoRNA and miRNA candidates associated with Alzheimer's disease using differential co-expression network analysis, 2) the development of Spycone—a tool facilitating splicing-aware time-series network analysis at the transcript level, and 3) benchmarking analysis of existing tools for differential transcript usage (DTU) detection.
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RNA in cells can be studied computationally using systems biology and dynamic data. Three key research areas are discussed in this dissertation: 1) the investigation of potential snoRNA and miRNA candidates associated with Alzheimer's disease using differential co-expression network analysis, 2) the development of Spycone—a tool facilitating splicing-aware time-series network analysis at the transcript level, and 3) benchmarking analysis of existing tools for differential transcript usage (DTU)...
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Translated abstract:
RNA in Zellen kann mit Hilfe der Systembiologie und dynamischer Daten rechnerisch untersucht werden. In dieser Dissertation werden drei Hauptforschungsbereiche erörtert: 1) die Untersuchung potenzieller snoRNA- und miRNA-Kandidaten, die mit der Alzheimer-Krankheit in Verbindung gebracht werden, unter Verwendung einer differenziellen Koexpressionsnetzwerkanalyse, 2) die Entwicklung von Spycone - einem Tool, das eine spleißfähige Zeitserien-Netzwerkanalyse auf Transkript-Ebene ermöglicht, und 3) eine Benchmarking-Analyse bestehender Tools für die Erkennung der differenziellen Transkriptnutzung (DTU).
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RNA in Zellen kann mit Hilfe der Systembiologie und dynamischer Daten rechnerisch untersucht werden. In dieser Dissertation werden drei Hauptforschungsbereiche erörtert: 1) die Untersuchung potenzieller snoRNA- und miRNA-Kandidaten, die mit der Alzheimer-Krankheit in Verbindung gebracht werden, unter Verwendung einer differenziellen Koexpressionsnetzwerkanalyse, 2) die Entwicklung von Spycone - einem Tool, das eine spleißfähige Zeitserien-Netzwerkanalyse auf Transkript-Ebene ermöglicht, und 3) e...
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