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- Original title:
- Inferring mechanisms of T cell expansion and contraction in response to acute infection from single-cell data
- Translated title:
- Ableitung von Mechanismen der T-Zell-Expansion und -Kontraktion als Antwort auf akute Infektionen anhand von Einzelzelldaten
- Author:
- Mir, Jonas
- Year:
- 2021
- Document type:
- Dissertation
- Faculty/School:
- Fakultät für Medizin
- Advisor:
- Floßdorf, Michael (Dr.)
- Referee:
- Floßdorf, Michael (Dr.); Theis, Fabian J. (Prof. Dr. Dr.)
- Language:
- en
- Subject group:
- MED Medizin
- Keywords:
- T cell differentiation, single-cell RNA-sequencing, single-cell fate mapping, trajectory inference, mathematical modelling, cell cycle speed quantification
- Translated keywords:
- T-Zell-Differenzierung, Einzelzell-RNA-Sequenzierung, Einzelzell-Fate-Mapping, Abstammungsinferenz, mathematische Modellierung, Quantifizierung von Zellzyklusgeschwindigkeit
- TUM classification:
- MED 450; MED 335
- Abstract:
- In this thesis, mechanisms of T cell diversification during acute infection are inferred from single-cell data. It is shown that progressive differentiation and cell cycle dropout effects drive the variability of the response. Mathematical modelling, informed by fate mapping and transcriptomic data at the single-cell level, mechanistically explains the immune response up to the memory phase. Additionally, in vivo cell cycle speed was quantified using a newly developed method.
- Translated abstract:
- In dieser Arbeit werden Mechanismen der T-Zell-Diversifizierung während akuter Infektion aus Einzelzelldaten abgeleitet. Es wird gezeigt, dass progressive Differenzierung und Zellzyklus-Dropout-Effekte die Variabilität der Antwort dominieren. Mathematische Modellierung, basierend auf Fate-Mapping- und Transkriptom-Daten auf Einzelzellebene, erklärt die Immunantwort mechanistisch bis zur Gedächtnisphase. Zusätzlich wurde Proliferation in vivo mit einer neu entwickelten Methode quantifiziert.
- WWW:
- https://mediatum.ub.tum.de/?id=1612346
- Date of submission:
- 15.06.2021
- Oral examination:
- 21.12.2021
- File size:
- 53878088 bytes
- Pages:
- 165
- Urn (citeable URL):
- https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20221221-1612346-1-0
- Last change:
- 28.03.2022
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