In this work, we examined the patterns of somatic copy number alterations (SCNA) in cancer genomes, and investigated the role of DNA methylation in neural stem cells (NSCs). We identified features including distance to telomere, distance to centromere and direct repeats, that are predictive of SCNA patterns. We found a number of genes, such as TP53 and WWOX, located in these broken regions in osteosarcoma. Finally, we uncovered an injury-induced epigenetic program that encompasses the decommissioning of developmental transcription factors selectively in NSCs.
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In this work, we examined the patterns of somatic copy number alterations (SCNA) in cancer genomes, and investigated the role of DNA methylation in neural stem cells (NSCs). We identified features including distance to telomere, distance to centromere and direct repeats, that are predictive of SCNA patterns. We found a number of genes, such as TP53 and WWOX, located in these broken regions in osteosarcoma. Finally, we uncovered an injury-induced epigenetic program that encompasses the decommissi...
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Übersetzte Kurzfassung:
In dieser Arbeit untersuchen wir die Muster in den Somatic Copy Number Alterations” in Krebsgenomen und ermitteln / analysieren die Rolle von DNA – Methylation in neuralen Stammzellen. Wir konnten Merkmale identifizieren wie zum Beispiel die Distanz zu Telomeren und Centromeren sowie Direct Repeats, die SCNA Muster vorhersagen lassen. Wir konnten eine Anzahl von Genen bestimmen, wie TP53 und WWOX, die in „broken regions“ zu finden sind. Wir haben ein traumainduziertes, epigenetisches Programm offen gelegt, das das Decomissioning von Developmental Transcription Factors in NSCs reguliert.
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In dieser Arbeit untersuchen wir die Muster in den Somatic Copy Number Alterations” in Krebsgenomen und ermitteln / analysieren die Rolle von DNA – Methylation in neuralen Stammzellen. Wir konnten Merkmale identifizieren wie zum Beispiel die Distanz zu Telomeren und Centromeren sowie Direct Repeats, die SCNA Muster vorhersagen lassen. Wir konnten eine Anzahl von Genen bestimmen, wie TP53 und WWOX, die in „broken regions“ zu finden sind. Wir haben ein traumainduziertes, epigenetisches Programm o...
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