The polyphyletic origin of sulfate-reducing prokaryotes (SRPs) hampers their fast detection by well-established moleculare methods. Based on phylogenetic 16S rRNA sequence analysis, a so-called phylogenetic DNA microarray composed of 142 rRNA-targeted oligonucleotide probes has been developed for highly parallel identification of all SRPs with high resolution. The applicability of the microarray for routine SRP diversity screening in environmental and clinical diagnostics could be demonstrated and successfully confirmed by microarray-independent methods. In addition, an online accessible database (http://www.probebase.net) has been established, which contains all published rRNA-targeted oligonucleotide probes with supporting biological and bibliographical information plus additional tools assisting in the development of novel rRNA-targeted probes.     «

The polyphyletic origin of sulfate-reducing prokaryotes (SRPs) hampers their fast detection by well-established moleculare methods. Based on phylogenetic 16S rRNA sequence analysis, a so-called phylogenetic DNA microarray composed of 142 rRNA-targeted oligonucleotide probes has been developed for highly parallel identification of all SRPs with high resolution. The applicability of the microarray for routine SRP diversity screening in environmental and clinical diagnostics could be demonstrated a...     »

Die polyphyletische Herkunft sulfatreduzierender Prokaryonten (SRPs) erschwert ihren schnellen Nachweis mittels etablierter molekularer Methoden. Basierend auf umfassender phylogenetischer Analyse der 16S rRNS Gensequenzen aller SRPs wurde ein sogenannter phylogenetischer DNA Mikroarray, bestehend aus 142 rRNS-gerichteten Oligonukleotidsonden, zur hochauflösenden und parallelen Identifizierung aller SRPs entwickelt. Die Eignung des Mikroarrays zum routinemässigen Screenen nach SRPs in der Umwelt- und klinischen Diagnostik wurde anhand ausgewählter Proben demonstriert und mittels mikroarrayunabhängiger Verfahren bestätigt. Darüberhinaus wurde eine Datenbank im Internet etabliert (http://www.probebase.net), die alle bekannten, rRNS-gerichteten Oligonukleotidsonden mit zusätzlicher bibliographischer und biologischer Information enthält und zusätzlich über Softwaretools verfügt, die in der Entwicklung neuer rRNS-gerichteter Sonden assistieren.     «

Die polyphyletische Herkunft sulfatreduzierender Prokaryonten (SRPs) erschwert ihren schnellen Nachweis mittels etablierter molekularer Methoden. Basierend auf umfassender phylogenetischer Analyse der 16S rRNS Gensequenzen aller SRPs wurde ein sogenannter phylogenetischer DNA Mikroarray, bestehend aus 142 rRNS-gerichteten Oligonukleotidsonden, zur hochauflösenden und parallelen Identifizierung aller SRPs entwickelt. Die Eignung des Mikroarrays zum routinemässigen Screenen nach SRPs in der Umwelt...     »