Investigations on genomic evaluations using high-density genotypes in Fleckvieh with consideration of dominance effects
Übersetzter Titel:
Untersuchungen der genomischen Zuchtwertschätzung beim Fleckvieh unter Verwendung von hochdichten Genotypen und unter Berücksichtigung von Dominanzeffekten
The aim of this thesis was to investigate effects of high density (HD) SNP genotypes and female genotypes in genomic evaluation of Fleckvieh considering dominance effects. Imputed HD genotypes improved validation reliability compared to 50K and reduced model based reliability and inflation of predicted breeding values. Although dominance amounted to significant proportions of genetic variance, genomic predictions of dominance were inaccurate. But exploitation of dominance SNP effects in mating decisions could be favorable.
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The aim of this thesis was to investigate effects of high density (HD) SNP genotypes and female genotypes in genomic evaluation of Fleckvieh considering dominance effects. Imputed HD genotypes improved validation reliability compared to 50K and reduced model based reliability and inflation of predicted breeding values. Although dominance amounted to significant proportions of genetic variance, genomic predictions of dominance were inaccurate. But exploitation of dominance SNP effects in mating d...
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Übersetzte Kurzfassung:
Ziel der Arbeit war es, die Effekte von SNP-Genotypen mit höherer Markerdichte (HD) und von weiblichen Genotypen in der genomischen Zuchtwertschätzung beim Fleckvieh zu untersuchen, unter Berücksichtigung von Dominanz. Imputierte HD-Genotypen ergaben eine höhere Validierungssicherheit als 50K und verringerten die modellbasierte Sicherheit und die Inflation der vorhersagten Zuchtwerte. Obwohl die Dominanz bedeutende Anteile an der genetischen Varianz einnahm, waren die vorhergesagten Dominanzabweichungen ungenau. Die Nutzung von Dominanz auf SNP-Ebene könnte Anpaarungsentscheidungen verbessern.
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Ziel der Arbeit war es, die Effekte von SNP-Genotypen mit höherer Markerdichte (HD) und von weiblichen Genotypen in der genomischen Zuchtwertschätzung beim Fleckvieh zu untersuchen, unter Berücksichtigung von Dominanz. Imputierte HD-Genotypen ergaben eine höhere Validierungssicherheit als 50K und verringerten die modellbasierte Sicherheit und die Inflation der vorhersagten Zuchtwerte. Obwohl die Dominanz bedeutende Anteile an der genetischen Varianz einnahm, waren die vorhergesagten Dominanzabwe...
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