Improvements to ribosome profiling analysis in E. coli K 12 and diverse prokaryotes, and the detection of antisense overlapping genes
Übersetzter Titel:
Verbesserung der Ribosomal Profiling Analyse in E. coli K12 und diversen Prokaryoten, und die Detektion von antisense überlappenden Genen
Autor:
Glaub, Alina Sophie
Jahr:
2021
Dokumenttyp:
Dissertation
Fakultät/School:
TUM School of Life Sciences
Betreuer:
Scherer, Siegfried (Prof. Dr.)
Gutachter:
Scherer, Siegfried (Prof. Dr.); Neuhaus, Klaus (Priv-Doz. Dr.)
Sprache:
en
Fachgebiet:
BIO Biowissenschaften
TU-Systematik:
BIO 260
Kurzfassung:
Based on the evaluation of publicly available RIBO-Seq data for E. coli K12, recommendations were made to improve the experimental approach for detection of potential overlapping genes (OLGs). Their existence within diverse prokaryotic species was verified by comparative analyses of RIBO-Seq data including those focusing on sequence evolution as an indicator for functionality. Last, a RIBO Seq experiment was performed for Bacteroides thetaiotaomicron to potentially identify OLGs.
Übersetzte Kurzfassung:
Publizierte E. coli K12 RIBO-Seq Datensätze wurden mit dem Ziel analysiert, Empfehlungen für die experimentelle Detektion von überlappenden Genen (OLGs) zu entwickeln. Zusätzlich wurden OLGs in diversen prokaryotischen RIBO-Seq Datensätzen nachgewiesen, deren Sequenzen auf der Grundlage ihrer evolutionären Entwicklung weitergehend verifiziert wurden. Es wurde ein RIBO-Seq Experiment für B. thetaiotaomicron durchgeführt, um auch in diesem Organismus OLGs zu detektieren.
Login
BibTeX