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Original title:
Bayesian structure determination from Chromosome Conformation Capture data and avenues to improve conformational sampling 
Translated title:
Bayes'sche Strukturbestimmung anhand von Chromosome Conformation Capture-Daten und Wege zur Verbesserung des Samplings von Konformationen 
Year:
2016 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Informatik 
Advisor:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.) 
Referee:
Rost, Burkhard (Prof. Dr.); Nilges, Michael ( Priv.-Doz. Dr.) 
Language:
en 
Subject group:
DAT Datenverarbeitung, Informatik 
Keywords:
Inferential Structure Determination, Bayesian structure determination, MCMC, Markov Chain Monte Carlo, Replica Exchange, Parallel Tempering, non-equilibrium statistical mechanics, 3C, HiC, Chromosome Conformation Capture, genome structure 
Translated keywords:
Inferentielle Strukturbestimmung, Bayes'sche Strukturbestimmung, MCMC, Markov-Ketten-Monte-Carlo, Replica Exchange, Parallel Tempering, Statistische Mechanik des Nichtgleichgewichts, 3C, HiC, Chromosome Conformation Capture, Genomstruktur 
TUM classification:
BIO 110d 
Abstract:
The Inferential Structure Determination (ISD) framework is used to infer statistically well-defined structural ensembles of chromosomes from single-cell Chromosome Conformation Capture data and an extension to population-based data is presented. As ISD heavily relies on sampling from difficult probability distributions, a recently proposed sampling method, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), is tested extensively on protein systems and a scheme to adjust related methods is pro...    »
 
Translated abstract:
Das Prinzip der Inferentiellen Strukturbestimmung (ISD) wird auf Chromosome Conformation Capture-Daten einzelner Zellen angewandt, um statistisch wohldefinierte Strukturensembles zu bestimmen. Des Weiteren wird eine Erweiterung für Daten aus Zellpopulationen vorgestellt. Das Ziehen von Stichproben aus komplizierten Wahrscheinlichkeitsverteilungen ist für ISD essentiell. Eine kürzlich vorgestellte Methode hierzu, Replica Exchange with Non-equilibrium Switches (RENS), wird ausführlich an Proteinsy...    »
 
Oral examination:
11.03.2016 
File size:
12382403 bytes 
Pages:
153 
Last change:
06.04.2016