Ribosomal RNA, a key molecule in protein synthesis with its ubiquitous presence and highly conserved nature has formed the backbone of modern molecular taxonomy. Owing to the functional constraints, the structural features exhibited by rRNA are highly conserved across the entire breadth of life. Consideration of such structural features during alignment of rRNA genes will greatly improve the quality of the alignment and help generating biologically meaningful evolutionary relationships between rRNA genes. Various graphical tools are developed and integrated into ARB software package to facilitate an in depth structure based comparative analysis of rRNA genes. Tools to visualize and evaluate oligonucleotide probes are also developed in the study. Software modules aiming to identify alignment ambiguities more intuitively are added to the ARB package. Further, ARB platform was expanded by integrating a functional module to carry out multigene phylogenetic studies by concatenating two or more genes.     «

Ribosomal RNA, a key molecule in protein synthesis with its ubiquitous presence and highly conserved nature has formed the backbone of modern molecular taxonomy. Owing to the functional constraints, the structural features exhibited by rRNA are highly conserved across the entire breadth of life. Consideration of such structural features during alignment of rRNA genes will greatly improve the quality of the alignment and help generating biologically meaningful evolutionary relationships between r...     »

Vergleichende Sequenzanalysen ribosomaler RNS haben die molekulare Taxonomie geprägt. Die Konserviertheit der rRNS-Strukturen zeigt sich wegen des funktionellen Selektionsdruckes in der gesamten Vielfalt der Lebensformen. Die Berücksichtigung dieser Strukturen verbessert deutlich die Qualität von Sequenzalignments und die Ableitung phylogenetischer Beziehungen. Verschiedene grafische Werkzeuge, die eingehende, auf Strukturelementen basierende vergleichende Analysen von rRNS-Genen erleichtern, wurden entwickelt und in das ARB-Paket integriert. Zudem wurden Werkzeuge zur Evaluierung und Visualisierung von spezifischen Hybridisierungssonden entwickelt. Weitere Komponenten zur intuitiven Erkennung von mehrdeutigen Alignmentpositionen und ein Funktionsmodul zur Konkatenierung von Genen für auf mehreren Genen basierende phylogenetische Untersuchungen, wurden dem ARB-Paket hinzugefügt.     «

Vergleichende Sequenzanalysen ribosomaler RNS haben die molekulare Taxonomie geprägt. Die Konserviertheit der rRNS-Strukturen zeigt sich wegen des funktionellen Selektionsdruckes in der gesamten Vielfalt der Lebensformen. Die Berücksichtigung dieser Strukturen verbessert deutlich die Qualität von Sequenzalignments und die Ableitung phylogenetischer Beziehungen. Verschiedene grafische Werkzeuge, die eingehende, auf Strukturelementen basierende vergleichende Analysen von rRNS-Genen erleichtern, wu...     »