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Original title:
New Approaches in Context-based Protein Function Prediction 
Translated title:
Neue Ansätze in kontext-basierter Gen Funktionsvorhersage 
Year:
2005 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät Wissenschaftszentrum Weihenstephan 
Advisor:
Langosch, D. (Univ.-Prof. Dr.rer.nat.habil.) 
Referee:
Mewes, H.-W. (Univ.-Prof. Dr.rer.nat.); Dandekar, T. (Univ.-Prof. Dr.med.) 
Format:
Text 
Language:
en 
Subject group:
BIO Biowissenschaften 
Keywords:
bioinformatics; genomics; functional prediction; gene order 
Translated keywords:
Bioinformatik; Genomik; Funktionsvorhersage 
TUM classification:
BIO 180d; BIO 175d; BIO 110d; BIO 040d 
Abstract:
In this work we analyze genomic neighborhood of a gene as a source of functional information. Using concept of Similarity-Neighborhood graph we show presence of non-trivial relations between genomic neighbors in the context of several genomes. We also show that while for prokaryotes the existence of such relations can be deduced from the operonic organization of prokaryotic genomes, these relations can also be detected in the eukaryotic genomes where such organization is not common (with notable...    »
 
Translated abstract:
Wir untersuchen genomische Nachbarschaft as eine Quelle funktioneller Informationen über Gene. Basierend auf dem Konzept von Simlarity-Neighborhood Graphen wird gezeigt, wie nicht-triviale Verhältnisse zwischen benachbarten Genen aufgedeckt werden können. Während in Prokaryoten das Vorhandensein solcher Korrelationen auf die Operonstrukturen zurückverfolgt werden kann, wurde dieses Phänomen auch in einigen eukaryontischen Genomen entdeckt, wo Operone in der Regel nicht vorkommen. Wir demonstrier...    »
 
Publication :
Universitätsbibliothek der TU München 
Oral examination:
18.04.2005 
Controlled terms:
Genanalyse Verwandtschaftserkennung Phylogenie Datenverarbeitung Methode 
File size:
3813524 bytes 
Pages:
78 
Last change:
13.03.2006