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Original title:
Distributed and Parallel Algorithms and Systems for Inference of Huge Phylogenetic Trees based on the Maximum Likelihood Method 
Translated title:
Verteilte und Parallele Algorithmen und Systeme zur Berechnung grosser phylogenetischer Baeume anhand der Maximum Likelihood Methode 
Year:
2004 
Document type:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Informatik 
Advisor:
Meier, Harald (Dr.) 
Referee:
Bode, Arndt (Prof. Dr.); Zenger, Christoph (Prof. Dr.); Ludwig, Thomas (Prof. Dr.) 
Format:
Text 
Language:
en 
Subject group:
BIO Biowissenschaften; DAT Datenverarbeitung, Informatik; MAT Mathematik 
Keywords:
Maximum Likelihood; Phylogenetics; Parallel Programming 
Translated keywords:
Maximum Likelihood; Phylogenie; Parallele Programmierung 
Controlled terms:
Phylogenetik; Stammbaum; DNS-Sequenz; Parallelverarbeitung; Maximum-Likelihood-Schätzung 
TUM classification:
BIO 110d; BIO 175d; BIO 180d; MAT 625d; DAT 416d; DAT 250d 
Abstract:
The computation of large phylogenetic (evolutionary) trees from DNA sequence data based on the maximum likelihood criterion is most probably NP-complete. Furthermore, the computation of the likelihood value for one single potential tree topology is computationally intensive. This thesis introduces a number of algorithmic and technical solutions which for the first time enable parallel inference of large phylogenetic trees comprising up to 10.000 organisms with maximum likelihood. The algorithmic...    »
 
Translated abstract:
Die Berechnung grosser Stammbäume aus Alignments von DNA-Sequenzdaten anhand des Maximum-Likelihood Verfahrens ist höchstwahrscheinlich NP-Vollständig. Im Rahmen dieser Arbeit wurden neue Algorithmen entwickelt, welche wesentlich zur Beschleunigung der Berechnungen und gleichzeitigen Verbesserung der Endergebnisse beitragen. Diese Ideen wurden im sequentiellen Programm RAxML implementiert, welches als Open Source Code zur Verfügung gestellt wird. Weiterhin wurde eine Vielzahl paralleler und vert...    »
 
Publication :
Universitätsbibliothek der TU München 
Oral examination:
28.10.2004 
File size:
709878 bytes 
Pages:
146 
Last change:
09.07.2007