Macrocyclic inhibitors are characterized by large ring scaffolds. The interdependence of ring torsions poses a major challenge for computational modeling techniques like conformational sampling and molecular docking. Without properly accounting for ring flexibility, these methods are unreliable and introduce severe artifacts. This work presents the development of a suitable workflow that overcomes this issue.
Translated abstract:
Makrozyklische Inhibitoren sind durch große Ringgerüste gekennzeichnet. Die gegenseitige Abhängigkeit von Ringtorsionen stellt eine große Herausforderung für computergestützte Modellierungstechniken wie Konformations-Sampling und molekulares Docking dar. Ohne die Ringflexibilität zu berücksichtigen, sind solche Methoden unzuverlässig und führen zu schwerwiegenden Rechenfehlern. Diese Arbeit stellt die Entwicklung eines geeigneten Workflows vor, der dieses Problem überwindet.
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