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Original title:
Efficient computational methods for parameter estimation of ordinary differential equation and mixed-effect models in systems biology
Translated title:
Effiziente computergestützte Methoden zur Parameterschätzung von gewöhnlichen Differentialgleichungsmodellen und gemischten Modellen in der Systembiologie
Author:
Stapor, Paul
Year:
2021
Document type:
Dissertation
Faculty/School:
Fakultät für Mathematik
Advisor:
Hasenauer, Jan (Prof. Dr.)
Referee:
Hasenauer, Jan (Prof. Dr.); Chung, Matthias (Prof. Dr.); Huisinga, Wilhelm (Prof. Dr.)
Language:
en
Subject group:
BIO Biowissenschaften; MAT Mathematik
Keywords:
parameter estimation, ordinary differential equations, systems biology, mathematical modeling
Translated keywords:
Parameterschätzung, gewöhnliche Differentialgleichungen, Systembiologie, mathematische Modellierung
TUM classification:
BIO 110d; MAT 022d
Abstract:
In this thesis, computational methods for parameter estimation of mathematical models based on ordinary differential equations (ODEs) in systems biology were developed. The main contributions were the transfer and adaptation of mini-batch optimization methods to ODE models, the derivation and application of second order adjoint sensitivity analysis, and the improvement of parameter estimation methods for ODE mixed-effect models. All mathematical methods were implemented in freely available compu...     »
Translated abstract:
In dieser Arbeit wurden computergestützte Methoden zur Parameterschätzung von Modellen basierend auf gewöhnlichen Differentialgleichungen in der Systembiologie entwickelt. Die Hauptbeiträge sind die Übertragung und Anpassung von Mini-Batch-Optimierungsmethoden auf Differentialgleichungsmodelle, die Herleitung und Anwendung und adjungierter Sensitivititätsanalyse zweiter Ordnung, sowie die Erweiterung von Parameterschätzungsmethoden im Bereich von gemischten Modellen, die auf gewöhnlichen Differe...     »
WWW:
https://mediatum.ub.tum.de/?id=1545769
Date of submission:
25.05.2020
Oral examination:
18.02.2021
File size:
5391296 bytes
Pages:
138
Urn (citeable URL):
https://nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn:nbn:de:bvb:91-diss-20210218-1545769-1-7
Last change:
25.05.2021
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