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Originaltitel:
Untersuchung von Nukleinsäuren mit Hilfe von neuen Simulationsmethoden 
Übersetzter Titel:
Investigation of nucleic acids by advanced sampling methods 
Jahr:
2014 
Dokumenttyp:
Dissertation 
Institution:
Fakultät für Physik 
Betreuer:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.) 
Gutachter:
Zacharias, Martin (Prof. Dr.); Antes, Iris (Prof. Dr.) 
Sprache:
de 
Fachgebiet:
BIO Biowissenschaften; PHY Physik 
Stichworte:
BP-REMD, DNA-Schäden, RNA-Bulge-Strukturen, Dangling-End-Strukturen 
Kurzfassung:
In dieser Arbeit wurde ein Verfahren entwickelt mit dem der Konformationsraum von Nukleinsäuren effizient abgetastet werden kann. Neben unterschiedlichen DNA-Schäden wurden auch Konformationsräume von gepaarten Nukleotiden innerhalb der RNA Doppelhelix (RNA-Bulge-Strukturen) untersucht. Zudem wurden freie Energierechnungen an Dangling-End-Strukturen durchgeführt. Dangling-End Basen sind überhängende Basen am Terminus einer Nukleinsäure, die keinen Watson-Crick Partner besitzen und einen stabi...    »
 
Übersetzte Kurzfassung:
A new, advanced sampling replica-exchange method has been developed to study nucleic acid structures. The application to DNA damage structures indicated a better convergence of sampled states in comparison to longer standard MD simulations for both cases. In addition RNA bulge structures were examined by BP-REMD. Furthermore, Umbrella-Sampling simulations of dangling nucleotides at the end of duplex and single stranded RNA and DNA molecules were used to investigate the molecular origin of dangl...    »
 
Mündliche Prüfung:
14.01.2014 
Dateigröße:
6044004 bytes 
Seiten:
154 
Letzte Änderung:
27.01.2014